這個問題提的不符合歷史事實。首先說朱棣發動的靖難之役，和侄子朱允文爭天下，雙方歷經無數場戰鬥。動用全國兵力，雙方傷亡可謂慘重。以至於北方人煙稀少。你認為朱棣被後人指責的少嗎？單從他誅殺方孝孺一事就可以看出，明朝文人何止是指責他呢？說指責他實在是高看他了。那些文人恨不能食其肉，喝其血。朱棣的殘暴是舉世有名的，有其父必有其子，所謂類其父。和朱元璋的殘暴相媲美。不知道題主所說的沒有人指責朱棣，理由何在？

說到李世民發動的玄武門之變，雖然死的人不多，也就幾個隨從和李建成、李元吉。但被後人所詬病，被世人指責，我覺得原因有這麼幾點。

首先李世民是個千古明君，做出殺兄滅弟的行為，世人覺得不能接受。就好比一枚白玉，有點瑕疵，世人皆嘆息。好端端的東西“白玉微瑕”。對於那些道德敗壞的君王，比如楊廣，世人不是指責了，而是痛恨。對李世民的指責，也是出於對他的愛護。也是對他人生有此敗筆的婉惜。

世人指責李世民，還有就是同情弱者，李建成和李元吉都死了，千秋功與過都一筆抹掉了，這時指責他們也沒有太大的意義。世人畢竟不太瞭解宮廷爭鬥的內幕，透過親情看到表面現象，李世民不應該射殺兄弟。但有誰知道，不殺兄弟可能李世民就會被兄弟所殺。

後世人只有透過書籍瞭解歷史了，歷史又是勝利者書寫的，有多少是真實的呢？

都是被逼無奈，建文消藩逼死朱棣兄弟，如果不反全家老少必死無疑，反正都是死還不如賭一把。李世民也是一樣功高震主，不發動政變他和其手下估計不能善終，只不過奪權後李世民殺死所有侄兒霸佔哥哥和弟弟的老婆好像只有畜生才做的出。

歷史時期不同：初唐時士族門閥依舊存在，為了江山穩固李世民保持了相當的容忍。而明朝時皇權加強，士族衰微，皇帝大開殺戒的政治代價很小。

皇帝個人的不同：李世民想做千古一帝，想洗刷汙點，自然不會去堵塞言路，也不會大開殺戒。

敵人下場不同：

李世民最大的汙點在這裡。他殺死了嫡親兄弟，侄子也沒放過，更是把嫂子弟媳收入房中。而後逼李淵退位幽禁深宮。在儒家士大夫看來簡直是不孝不仁不義的禽獸。

反觀朱棣，打著靖難的旗號起兵，也沒有動手殺建文帝及其子嗣。而且建文帝方孝儒也確實有悖人倫，逼死諸多藩王，其中大多是建文帝的叔叔。很多士大夫對被逼死的藩王是抱有同情的。

當然了，玄武門之變死的人遠少於靖難，不過嘛泥腿子的死活關士大夫老爺們什麼事呢？