病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫學昆蟲）、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。

病原微生物是指可以侵犯人體，引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。病原體中，以細菌和病毒的危害性最大。

澆灌糞肥的蔬菜會被病原微生物汙染，距離施肥時間越近，蔬菜表面大腸菌群數量越多，用自來水浸泡、沖洗等方法對去除蔬菜表面的大腸菌群有一定效果，其中以沖洗效果最佳。此外，最好的殺滅蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。

擴充套件資料：

每個人一生中可能受到期150種以上的病原體感染，在人體免疫功能正常的條件下並不引起疾病，有些甚至對人體有益，如腸道菌群（大腸桿菌等）可以合成多種維生素。

這些菌群的存在還可抑制某些致病性較強的細菌的繁殖，因而這些微生物被稱為正常微生物群（正常菌群）但當機體免疫力降低，人與微生物之間的平衡關係被破壞時，正常菌群也可引起疾病，故又稱它們為條件致病微生物（條件致病病原體）。

機體遭病原體侵襲後是否發病，一方面固然與其自身免疫力有關，另一方面也取決於病原體致病性的強弱和侵入數量的多寡。一般地，數量愈大，發病的可能性愈大。

尤其是致病性較弱的病原體，需較大的數量才有可能致病。少數微生物致病性相當強，輕量感染即可致病，如鼠疫、天花、狂犬病等。