袁世凱死後，北洋集團四分五裂。現在一般習慣上把分裂後的北洋軍閥分成皖系、直系、奉系三大派。馮玉祥則歸類到直系中去，這種分法其實並不正確。

北洋軍閥裡的皖系和直系其實主要是根據和段祺瑞的親疏關係而定。親近段祺瑞的屬於皖系，而和段祺瑞關係不大好的，則劃到直系中去。

但是北洋集團內部各軍頭在不同時期和段祺瑞的關係並不一樣，這就造成了一個人時而親段，時而反段，並不是一概而論。

比較典型的一個例子就是曹錕，在江蘇督軍馮國璋拉攏江西督軍李純、湖北督軍王佔元一起搞長江三督，和段祺瑞唱對臺戲時，曹錕一般更支援段祺瑞。而到馮國璋死後，曹錕和段祺瑞矛盾激化，成為了新直系的領袖，並最終擊敗了段祺瑞。

所以要看馮玉祥屬於哪個派系，應該看他的出身和統屬關係。

馮玉祥行伍出身，開始只是一個小兵，到1905年袁世凱受命編練北洋新軍時，他還只是個排長。不過馮玉祥勤奮好學，被協統陸建章看中，大力栽培，還把自己的內侄女劉德貞許配給了馮玉祥。

在陸建章的扶持下，馮玉祥到1910年已經官至營長了。辛亥革命時，馮玉祥參加了灤州起義。起義失敗以後在陸建章的保護下，馮玉祥只是被解職而已。

1912年陸建章受命籌建左路備補軍，又把馮玉祥叫了回來繼續當營長。此後隨著陸建章一路高升，馮玉祥也是跟著水漲船高，等1914年陸建章出任陝西督軍時，馮玉祥也成為第16混成旅的旅長，可謂進步神速。

因此馮玉祥就出身來說是屬於陸建章一系。後來馮玉祥被調到四川，而陸建章被陝軍擊敗下野，馮玉祥的部隊歸屬陸軍部直轄，才脫離了陸建章的管轄。

在段祺瑞當政期間，因為馮玉祥並非他的嫡系，所以曾經將其免職。然而第16混成旅是馮玉祥一手拉出來的部隊，因此段祺瑞即使換了一個旅長，馮玉祥還是能遙控指揮。張勳復辟期間，馮玉祥趁機返回第16混成旅掌握了軍權，並主動擁戴段祺瑞討逆。為了藉助馮玉祥的第16混成旅，段祺瑞也只能重新任命馮玉祥為旅長。

而在後來馮國璋和段祺瑞的府院之爭時，馮國璋透過陸建章拉攏馮玉祥出面反對段祺瑞的武力統一計劃，在武穴通電罷戰，這就是民國史上有名的武穴罷兵。此後段祺瑞雖然透過收買張作霖，藉助奉軍之力壓服了馮國璋，槍斃了陸建章，並再次將馮玉祥免職。

但是馮玉祥據不從命，率第16混成旅武力抗拒。奉段祺瑞之命來收拾馮玉祥的曹錕怕事情鬧大，從中調停，最後以段祺瑞收回成命，馮玉祥保留原職告終。

從這裡看，馮玉祥不屬於段祺瑞的皖系，和馮國璋也沒什麼關係。此時他雖然只是一個小小的旅長，但是已經自成一系。

馮國璋死後，曹錕和段祺瑞矛盾激化。最終曹錕率軍北上，挑起了直皖大戰。馮玉祥雖然和曹錕一起撤軍北上，但是並沒有參加直皖大戰，而是採取了局外中立的態度。

曹錕擊敗段祺瑞以後，和張作霖一起控制了北洋政府大權。馮玉祥和其他中立的北洋軍閥一樣，都名義上隸屬了曹錕。並在此後和閻相文一起入陝，擊敗了皖系軍閥陝西督軍陳樹藩，因功升為第11師師長。閻相文死後，馮玉祥繼任陝西督軍，成為割據一方的軍閥。

在第一次直奉大戰爆發以後，馮玉祥支援曹錕，出兵河南擊敗了支援張作霖的河南督軍趙倜，控制了河南。不過曹錕的親信吳佩孚把河南當做自己的地盤，找機會擠走了馮玉祥，把他調任陸軍檢閱使的閒職，率軍駐守南苑。

由於並非曹錕嫡系出身，因此在陸軍檢閱使任上馮玉祥受到了很大的排擠，部隊軍餉也嚴重不足。最後馮玉祥率部劫了運送軍糧的火車，逼得曹錕出面調停，才算把事態緩和下來。

所以馮玉祥雖然一度隸屬曹錕，但是雙方關係並不密切。馮玉祥因為曹錕勢大，所以依附於他，而曹錕則看中了馮玉祥手下的3萬大軍。雙方更多的是互相利用的合作關係。

不過這一時期馮玉祥和曹錕的關係，要比當初和段祺瑞時期密切的多，因此也可以算是曹錕的旁系。

在曹錕手下時，馮玉祥和吳佩孚矛盾不斷。最終在段祺瑞的拉攏下，馮玉祥在第二次直奉大戰時率軍回師，囚禁了曹錕，直系大敗。馮玉祥趁機收編敗退的直軍，所部擴充到了8萬人。

而段祺瑞出任臨時執政以後，因為手下沒兵，張作霖的奉軍又大舉入關，也有意扶持馮玉祥以制衡張作霖。所以馮玉祥陸續獲得了綏遠、甘肅等地盤，成為了割據一方的獨立勢力。

綜上所述，馮玉祥在北洋軍閥中是出自陸建章系統，陸建章倒臺以後，就成為了一個獨立的軍事集團，自成一系。