不僅二戰前日本，絕大多數國家軍政系統和軍令系統都是分開的：軍政系統執掌行政管理，軍令系統執掌作戰指揮。日本陸軍省執掌軍政，參謀本部執掌軍令。海軍省執掌軍政，軍令部執掌軍令。但在1945年戰敗前，作為軍國主義國家，日本軍隊的組織結構等均有別於其他國家，具有明顯特點。

根據1889年頒佈的《大日本帝國憲法》第十一條，天皇為軍隊最高統帥。陸海軍最高首長均由天皇任命、聽命於天皇，並根據“帷幄上奏權”向天皇稟報，對天皇負責。作為內閣成員的首相和陸海相均無權指揮軍隊，否則屬於“干犯統帥權”。軍隊指揮權理論上屬於天皇，實際上分別由參謀本部和軍令部負責。因此，參謀總長經常由皇族成員擔任。同時，根據“軍部大臣現役武官制”規定，在組建內閣時，陸海軍大臣必須由現役軍官擔任，由軍隊推派、天皇任命。“帷幄上奏權”和“軍部大臣現役武官制”是軍國主義兩大要素。包括陸軍省、海軍省、參謀本部、軍令部在內的“軍部”這一名稱本身，就是意味軍隊獨立於政府。

除了行政管理和作戰指揮，日本陸軍還有一塊是獨立的：直屬天皇、全面負責陸軍教育訓練的“教育總監部”。除了陸軍大學直屬參謀本部，其他軍校的各方面事項，包括學生畢業安排等，均由教育總監部負責。因此,日本陸軍有“三巨頭”，而海軍只有“兩巨頭”：海軍大臣、軍令部總長（1933年9月前稱軍令部部長）。

1937年11月17日，根據“昭和12年軍令第1號”的《大本營令》，日軍在天皇下設定了大本營。參謀本部改稱“陸軍統帥部”，軍令部改稱“海軍統帥部”（人們仍保留習慣稱呼），由大本營會議負責兩部即陸海軍的協同配合。二戰結束後，大本營和所屬各部均被解散。

馮偉老師說的很好了，在此僅做少許補充。

首先，關於軍令與軍政的區別，按照學術上說法：“軍令在廣義上指關於軍事的全部命令，狹義上指關於軍隊行動（兵力的移動及行使）的命令，即軍隊行動命令”“軍政為軍事行政，內容包括軍隊的設立、維持、管理以及軍令的統制（關於軍隊行動的基本方針的監督，而非軍隊行動的專業技術的監督）”。具體到日本做簡單理解的話，軍政機關是指陸海軍省，軍令機關是指參謀本部。

自從明治初年確立了太政官政體，尤其明治三年明確“陸軍採用法式軍制”的發展方向之後，在日本逐漸形成了文官治軍的模式，並確立了法國式的軍政、軍令統一的一元結構。具體而言，當初日本陸海軍完全在太政官的統一管理下，其軍事機構為兵部省。及至明治五年（1872年），兵部省分成陸軍省、海軍省，這種軍政、軍令的一元結構也沒有受到影響。西南戰爭（1877年）中軍政軍令分離效率低下以至貽誤戰機成為戰後日本進行軍事改革的理由。

明治十一年（1878年）10月8日，陸軍省向政府遞交了《陸軍省參謀局擴張上申書》，該檔案稱：“陸軍之事項若分門別類，雖屈指可數，其大要之事務僅區區兩大類別：曰政令、曰軍令。而如其政令，自是本省奉行之所；至於軍令，則為參謀局制專任之所。...... 且觀歐洲一二文明國之參謀本部，其規模廣大，局長之權力大體與陸軍卿相頡頏，其任所勿論戰時，苟在平時，系軍令者盡向局長報知，無所澀滯凝塞，內成機密之規劃，外行遠大之謀略。如此然後可為陸軍之根基”。

同年11月6日，政府決定“除陸軍省所支付定額金之外，額外撥款25萬元，用以擴張參謀局”。12月5日，正式決議廢除陸軍省參謀局，增設參謀本部。同日，政府頒佈《參謀本部條例》。其中自第七條以後關係部內各機構的職責，第一條至第六條規定本部長的權責，具體內容如下：

“第一條、參謀本部置於東京，統轄各監軍部、近衛、各鎮臺之參謀部。

第二條、本部長一人，由將官依敕任之，統轄部事，參與帷幄之機務。

第三條、次長一人，由將官任之，與本部長始終整理部事，但設此依據事務之繁閒，依時宜定其官職。

第四條、平時審查陸軍之定製、節度及團隊之編制、部署，詳密考察地理、料量材用，考慮戰區之景況，兼洞悉異邦之形勢，值參劃時無所遺漏，此為本部長之責任，以此陳其利害。

第五條、凡軍中機務、戰略動止、進軍、駐軍及軍隊轉移之令，行軍路程之規定，運輸方法，軍隊之派遣等。有關軍令者，專由本部長管制，參與籌劃、親裁之後直接下達陸軍卿實施之。

第六條、凡戰時有關軍令者，因親裁之後直接下達監軍部長或特命司令將官，故其將官直屬大纛之下，本部長對此參劃上裁”。

第二條規定“本部長”一職由“依敕任之”，即由天皇直接任命，因此對天皇負責而不屬政府管轄。第四條限定參謀本部平時的職務。第五條、第六條是關於戰時職務的規定，其中“有關軍令者，專由本部長管制，參與籌劃、親裁之後直接下達陸軍卿實施之”，和“凡戰時有關軍令者，因親裁之後直接下達監軍部長或特命司令將官，故其將官直屬大纛之下”實際表明作為軍令機關的陸軍參謀本部已經完全獨立於陸軍省。此後《參謀本部條例》又經過幾次大大小小的改正，最終讓統帥權獨立於政府之外而直屬天皇，而先前的一元結構則被徹底打破，軍政、軍令機關分離，形成二元結構。

不光是日本，一直到現在，軍事系統都是軍政、軍令分開的，中國在軍改前軍政軍令既分開又重疊，軍改後，軍委管總，軍種主建，戰區主戰，可以說區分開了。

軍政系統，就是部隊日常的編制體系，例如軍種、兵種等，一般來說，軍政系統負責軍隊的訓練、人事、教育、裝備採購等，主要是保證部隊日常的建設和發展。例如二戰時日本的陸軍省、海軍省，就屬於軍政系統。

軍令系統，就是部隊戰時的指揮體系，例如戰區。相對於軍政系統，軍令系統的主要任務，就是作戰、演習，就是部隊的指揮權。例如二戰時日本的陸軍參謀本部、海軍軍令部，就是軍令系統。

一般來說，二者相互獨立，互不重疊。不過，因為軍政系統掌握了部隊日常的管理工作和經費，且負責軍官的晉升，軍令系統的人也是從軍政系統管理的體制下出來的，因此多少會受到其影響。

說到這，就不能不提日本的陸海軍矛盾了。按說，軍政系統可以分開設定，但軍令系統一般只有一個，這樣更有利於統一指揮部隊，協調資源，高效精幹的完成作戰，例如太平洋戰場，美軍最高指揮官為麥克阿瑟，其手下既有陸軍也有海軍和陸戰隊。而日軍因為軍種矛盾十分劇烈，誰也不服誰，因此分別設立了軍令系統，這在很大程度上影響了日軍的作戰效率。