影響很深遠，實際上“國本之爭”已經不再是單純的該擁立朱常洛還是朱常洵為太子的爭論，它演變到後期已經發展成為“臣子和皇帝”的勢力角逐，影響了後面三位皇帝的政治格局，君權至上的年代皇帝的權力是不是真的毫無制衡?而大臣是不是真的一切都要以皇帝馬首是瞻?“國本之爭”實際上給出了答案，它的意義是非凡的，我們都知道明清兩朝是君主集權的最高峰，皇帝的權力達到了前所未有的高度，但是在一切大事都需要皇帝予以裁決的情況下，萬曆皇帝卻無法逾越禮制把朱常洵設為太子，這說明臣子也有他們的底線，皇帝也並非可以為所欲為。“國本之爭”的第一層影響“國本之爭”前前後後持續十五年才落下帷幕，最終以萬曆皇帝的妥協而結束，並且還是在李太后的干預下，朱常洛最終才被冊封為太子，這預示著君權實際上已經被削弱，明朝的文官的力量無形間得到了壯大，形成“君弱臣強”的局面。

明朝官僚最大的群體就是“東林黨”，但是我們可以透過嘉靖皇帝的“大禮議”事件得到啟發，嘉靖皇帝透過鐵腕手段強力打壓群臣，君權贏得勝利，讓嘉靖在二十年不上朝的情況下依然可以強而有力的掌控群臣。但萬曆皇帝的妥協卻意味著群臣擁有了逼迫皇帝妥協的資本和底氣，因此，自萬曆皇帝以後，裁決權實際上已經從皇帝手中被分流了一部分至臣子手裡，在很多問題上皇帝無法按照自己的意願做出決定，也就不難怪崇禎皇帝死的時候為什麼說“然皆諸臣誤朕”。

“國本之爭”的第二層影響在“國本之爭”期間，還發生了著名的“宮廷三大案”，這三大案的源頭是“國本之爭”，不過這三大案的本質卻是以鄭貴妃為首的後宮勢力、皇帝以及大臣三方力量的相互角逐。“國本之爭”的主角明光宗朱常洛登基僅僅一個月就因吞食“紅丸”而駕崩，明光宗的死實際上就是因為群臣耽誤病情導致，這其中當然也有鄭貴妃的影子。如果說“宮廷三大案”是後宮鄭貴妃為了進一步獨攬後宮權力，甚至培養李選侍進一步染指朝政，那麼在同後宮勢力對抗的過程中，整個明朝群臣的勝利雖然進一步捍衛了君權，但實際上更進一步的增強了群臣的政治力量，而這又導致天啟皇帝利用宦官來鉗制文官群體，但是卻又讓宦官做大。“國本之爭”從萬曆皇帝開始，它的影響一直持續到明朝滅亡才結束，使得明朝的政治越發腐敗和無能，國家大事逐漸淪為政治角逐的鬥爭，從而讓明帝國一步步走向滅亡。

“國本之爭”對明朝的影響必然是深遠的，它從根本上動搖了這個帝國的政治穩定和平衡，由此使明朝晚期進入愈演愈烈的黨爭之中，從此朝綱敗壞，國家大事束之高閣，或淪為政治角逐的意氣之爭。可以說，明朝滅亡的原因之一中，“國本之爭”帶來的後續影響佔據了一個很重要的原因。