唇顎裂的具體形成原因未完全明瞭。有遺傳因素，也有非遺傳因素導致，並不絕對。目前認為可能引起唇顎裂的遺傳和環境因素包括以下幾個方面，這些因素的影響主要是在懷孕早期的4～10周。

1. 遺傳因素：雙親都正常生出唇顎裂患兒機率1/700，單親唇顎裂生出唇顎裂患兒機率1/20，雙親都唇顎裂生育唇顎裂患兒機率1/4。

2. 環境汙染：包括水、空氣、食品、居住區域等環境的汙染，如X線的照射，長期工作於電腦前。

3. 病毒感染：母體遭受感染病毒或妊娠初期遭受某種損傷導致胚胎發生唇顎裂等畸形，尤其是風疹病毒引起的感冒等，也可能導致唇顎裂的發生。

4. 營養因素：有人認為孕婦的營養不平衡會導致唇顎裂，如孕期嘔吐嚴重等使母體和胎兒出現不同程度的營養不良；偏食可能造成營養攝入不夠豐富和失衡，維生素、微量元素缺乏等。孕婦在孕期的營養應該保證，適量的維生素及其他微量元素應該及時補充。

5. 用藥不當：多數藥物進入母體後都能透過胎盤進入胚胎，如各種藥物的副作用導致胎兒畸形，懷孕期間忌服抗癌、抗癲癇、激素等藥物。

6. 內分泌影響：在小鼠的動物實驗中，如給懷孕早期的母鼠注射一定量的激素，所生產的幼鼠中可出現顎裂。因此認為，在妊娠早期如孕婦因生理性、精神性及損傷性等誘發體內腎上腺皮質激素分泌增加，可導致唇顎裂的產生。

7. 年齡因素：年齡在20歲以下和35歲以上的女性會產生畸形兒的可能性最大。

8. 胎兒缺氧：母體存在不同原因引起的貧血，使血液中氧氣攜帶量不足以供給母子兩方面正常生理代謝也可以導致唇顎裂畸形。

9.其他：如：吸菸、飲酒、營養不平衡、激烈的情緒波動等。

除此之外，夫妻在受孕時身體狀態不佳、精神壓力過大，孕婦情緒不好，不良生活習慣，高齡懷孕等都可能導致胎兒發生唇顎裂等畸形。這些都是在預防唇顎裂發生中需要注意的問題。