功能磁共振成像的主要特點是能對特定大腦活動的皮層區域進行準確可靠的定位，空間解析度達到2毫米，並能對物體反覆進行掃描。能實時跟蹤訊號的變化，時間解析度達到1秒鐘。

一、無損傷性檢查。CT、X線、核醫學等檢查，病人都要受到電離輻射的危害，而MRI投入臨床20多年來，已證實對人體沒有明確損害。孕婦可以進行MRI檢查而不能進行CT檢查。

二、多種影象型別。CT、X線只有一種影象型別，即X線吸收率成像。而MRI常用的影象型別就有近10種，且理論上有無限多種影象型別。透過對不同型別的影象進行對比，可以更準確地發現病變、確定病變性質。

三、影象對比度高。磁共振影象的軟組織對比度要明顯高於CT。磁共振的訊號來源於氫原子核，人體各處都主要由水、脂肪、蛋白質三種成分的MRI訊號強度明顯不同，使得MRI影象的對比度非常高，正常組織與異常組織之間對比更顯而易見。CT的訊號對比來源於X線吸收率，而軟組織的X線吸收率都非常接近，所以MRI的軟組織對比度要明顯高於CT。

四、任意方位斷層。由於MRI是逐點、逐行獲得資料，所以可以在任意設定的成像斷面上獲得影象。而CT是透過管球、探測器的旋轉掃描獲得資料，斷層方位是固定的，想獲得其它方位的影象只能通過後處理，但後處理影象的質量要明顯低於直接掃描獲得的原始影象。

五、心血管成像無須造影劑增強。基於MRI特有的時間飛逝去（TOF）和相位對比法（PC）血流成像技術，開發出了磁共振血管造影（MRA）。MRA與傳統的血管造影（DSA）相比，有無創傷性（不需要注射造影劑）、費用低、檢查方便等優點。且隨著MRI技術的不斷進步，高場磁共振MRA的影象技師與診斷能力已與DSA非常接近。但對於細小血管分支、微小血管病變的顯示，目前只能在1.5T以上的高場磁共振上實現，中低場強的磁共振MRA影象只有一定的參考價值。

六、MRI介入治療是介入治療發展的熱門方向。傳統介入治療過程中，醫生與病人均會受到大劑量的X線照射，對身體造成一定的損害。而MRI檢查無電離輻射，且最新的C型超級開放式MRI的開放度要高於CT、與DSA接近，加上MRI成像的高對比度、斷層方位隨意設定等優點，MRI介入治療顯示出非常光明的前景。

七、代謝、功能成像。MRI的成像原理決定了MRI訊號對於組織的化學成分變化極為敏感。目前已要在高場MRI（1.5T以上）系統上開發出了磁共振功能成像(FMRI)、磁共振波譜分析(MRS)，劃時代地實現了對於功能性疾病、代謝性疾病的影像診斷，同時也大大提高了對一些疾病的早期診斷能力。