卑彌呼女王對應魏晉時代，曾受封魏倭王，其歷史久遠，所以頗多爭議疑點。卑彌呼所在的邪馬臺國被國際上認為是日本的發源國，所以如果按照天皇萬世一系的說法，那麼兩者之間應該存在血緣關係。曾有人認為卑彌呼是神功皇后，但被證明不是。卑彌呼身份之謎至今未曾解開，其中最戲劇性的無疑是天照大神說。當然也有認為卑彌呼是垂仁天皇女兒倭姬命。所以，卑彌呼與天皇存在什麼關係，至今未曾考證出來，多是猜測。

卑彌呼女王是《三國志》所記載的倭國邪馬臺國女王。當時日本島內一度出現混亂，當時日本有許多部落號稱為“國”組成一個聯盟，其中以邪馬臺國主盟國。邪馬臺國到底在哪裡呢？有一種說法在九州島北部，一種說法是在畿內地區（即本州島）。時間則相當於中國的曹魏時期。卑彌呼去世之後，邪馬臺國又混亂了一陣，後來由卑彌呼的宗女壹與出來主政。此後中國進入西晉，並進入了一段混亂時期，倭國與中國的關係暫時中斷。到了東晉末起，倭國又再次來到中國朝貢，不過這次所來的倭國使者背後的政權，已經和邪馬臺國判若有別了。後世將這一時期向中國東晉乃至南朝朝貢的倭王稱為倭五王。倭五王之後又經歷了兩輪複雜的更迭，分別是所謂繼體天皇和欽明天皇。欽明天皇是後來日本天皇家族的祖先。欽明天皇與卑彌呼女王沒有直接的聯絡。《日本書紀》有意將神功皇后的年表與卑彌呼女王聯絡起來，試圖暗示神功皇后就是卑彌呼女王，而神功皇后被奉為後世天皇的祖先之一，似乎給人感覺卑彌呼女王與後來的天皇有某種關係，但這種觀點是不可靠的。此外還有認為卑彌呼女王是天照大神的，認為是倭跡跡日百襲姬，都是拿歷史人物比附傳說人物，可信度也比較低。邪馬臺國和後來的倭五王大和政權應該不具有傳承關係。