玄武門事變的後，李世民當然知道魏徵與李建成（太子）的陰謀。目的是想治李世民為死地，結果事以未成。到最後勝算者還是李世民，當李世民登基後不計前嫌，禮賢下士、反而重用了魏徵。魏徵當然慚愧之極，對李世民的不殺之恩所觸動，定心服務於歸下甚至是赴湯導火也在所不息。

唐太宗：以銅為鑑，可以正衣冠；以人為鑑，可以明得失；以史為鑑，可以知興替。朕嘗寶此三鏡，用防己過。今魏徵殂逝，遂亡一鏡矣。"

是唐太宗得知魏徵去世後說的話。

魏徵病死。唐太宗很難過，親自去他家弔唁，這在古代中國是至高無上的榮譽。

同年二月，李世民命閻立本畫二十四功臣像置入凌煙閣，魏徵位列第三。

魏徵死後，一切都發生讓人瞠目結舌的變化。

魏徵在死之前曾經向唐太宗秘密推薦當時的中書侍郎杜正倫和吏部尚書侯君集，說他們有當宰相才能。可是在魏徵死後，杜正倫因為負罪被罷免，候君集因參與謀反而被斬首。

李世民懷疑魏徵這位他認為很老實的人在朝廷有因私營黨的嫌疑。

後來，唐太宗又得知訊息：魏徵曾把自己給皇帝提建議的書稿給當時記錄歷史的官員褚遂良觀看。唐太宗懷疑魏徵故意博取清正的名聲，心裡很不高興。先前唐太宗已經同意把衡山公主許配給魏徵長子魏叔玉，這時也後悔了，下旨解除婚約。到後來他越想越惱火，竟然親自砸掉了魏徵的墓碑，一段君臣佳話，竟以此為終，讓人嘆息。

貞觀十九年（645年），李世民親征高句（gōu）麗，戰士死傷數千人，戰馬損失十分之七八，他深深悔恨這一舉動，不禁慨然嘆息說：“魏徵若在，不使我有是行也。“於是立命馳驛以少牢之禮祭祀魏徵，又重立紀念碑。

陝西禮泉縣九嵕山昭陵

李世民的地宮周圍，有一百多座陪葬墓，至於墓主人，主要是唐太宗生前的至親、重臣，在這些達官顯貴、皇親國戚內部，也分三六九等，地位越高，死亡時間越早，墓址越接近李世民地宮，反之更遠。比如馬周、張士貴、鄭仁泰這些大臣，還有趙王李福這樣庶出的皇子，就只能葬在山腳下，而葬在山上、靠近李世民地宮的，有長樂公主、新城公主、城陽公主，她們都是皇后之女，異常尊貴。文武重臣中，只有一個人葬在山上，那就是魏徵，他的墓位於鳳凰山，離三位嫡出公主墓地較近，離昔日的同僚們很遠，算是一個特例了。

可見魏徵在李世民心中的地位。