第一局（機要局）主管審訊和稽核人員

第二局（國際情報局）主管國際戰略情報蒐集

第三局（政經情報局）主管各國政經科技情報蒐集

第四局（臺港澳局）主管該地區情報工作

第五局（情報分析通報局）主管情報分析通報、蒐集情報指導

第六局（業務指導局）主管對所轄各省級廳局的業務指導

第七局（反間諜情報局）主管反間諜情報蒐集

第八局（反間諜偵察局）主管外國間諜的跟監、偵查、逮捕等

第九局（對內保防偵察局）主管涉外單位防諜，監控境內反動組織及外國機構

第十局（對外保防偵察局）主管駐外機構人員及留學生監控，偵查境外反動組織活動

第十一局（情報資料中心局）主管文書情報資料的蒐集和管理

第十二局（社會調查局）主管民意調查及一般性社會調查

第十三局（技偵科技局）主管偵技科技器材的管理、研發

第十四局（技術偵察局）主管郵件檢查與電信偵控

第十五局（綜合情報分析局）主管綜合情報的分析、研判

第十六局（影像情報局）主管各國政、經、軍等影像情報，包括衛星情報判讀

第十七局（企業局）主管該部所屬企業、公司等事業單位反恐局，反恐行動的主管單位