遊戲開始，世界上很多人都因為不明的原因沉睡不起，包括主角和關東地區前任冠軍，博士決定對主角使用一個裝置讓他醒來，讓主角來到剛到芳緣地區的第一天。

隨後來到這個畫面，走到紅色入口前進入，其它兩個都進不去

主角和媽媽來到芳緣地區的第一天

老樣子，到了新家上樓調時間

然後前往博士的家，上二樓和他兒子勁敵對話

在前往101道路，遇到博士被野生的蛇紋熊追著，上前開啟他的包，從圓企鵝、小火猴和嫩苗龜中選一個

打贏野生的蛇紋熊，表示感謝，小田卷博士會把圓企鵝送給你，讓你去101道路

沿著101道路來到古辰鎮，繼續往前走，穿過103號道路來到Phantom之森，遇到索羅亞克偽裝的的勁敵

勁敵上前，告訴主角它是偽裝的，被識破的索羅亞克和主角小精靈對戰，打贏它，它會自動跟著你走。

之後勁敵發起挑戰，讓你準備好就去103道路接受他的挑戰

勁敵的PM會根據主角選的小精靈而改變。

打贏勁敵後，為表示下次遇到對方不會被小精靈的Phantom所騙，勁敵給主角半個愛心球，如果不知道對方的真偽，拿出這半個愛心球就可以啦。之後一起回到研究所。小田卷博士交給主角精靈圖鑑，勁敵送主角精靈球

出去後媽媽上前送主角跑鞋

然後出發前往橙華市，從未白鎮到橙華市的草叢可遇到木守宮、小火龍、小火雞等御三家，個人感覺捕獲率不高。

未白鎮上方草地可捕捉草系御三家

古辰鎮上方是水系御三家

古辰鎮左邊是火系御三家

古辰鎮往左走到102號道路，遇到火箭隊三人組

說你之前獲得的索羅亞克很稀奇，要來搶，派出喵喵

此時，畫面轉到剛開始的研究室兩人對話，阿克羅瑪覺得用這個裝飾讓主角恢復的情況超出了預期的效果，不太對勁

繼續向左走，來到橙華市父親的道館，小光也來了，請求父親幫他抓一隻小精靈，他即將搬去綠盟鎮。父親讓主角陪他一起去抓小精靈。

隨後小光興高采烈的走了，父親讓主角先去卡那茲市打道館，然後再去別的道館。

繼續往走上放走到橙花森林，遇到德文公司職員，水艦隊成員出現，主角和他對戰，9級土狼犬。打敗他後，德文公司職員會送主角超級球。

從水艦隊成員口中，要去卡那茲市幹壞事

1、開局可以水火草三隻小精靈中選擇一隻，這裡可以選擇水系的水水獺。

2、在漆黑的Wraith5.0中基本上歷代的御三家小精靈都是可以捕捉到。

3、其中草系的在101號道路，可以捕捉到藤藤蛇，妙蛙種子，木守宮，菊草葉等等。

4、水系的御三家小精靈則在古辰鎮上方的103號道路，可以捕捉到傑尼龜，水躍魚，小鋸鱷，水水獺等。

5、而古辰鎮左邊的102號道路就能夠捕捉火系的御三家小精靈，像小火龍，火稚雞，暖暖豬，火球鼠等等。

6、歷代的御三家小精靈強度都是可以的，種族值總和基本都在525左右，練上一兩隻走到最後完全是可以的。