145話（新的黑暗的鼓動）~184話（踏上光明之路）
劇情簡介：一萬年前，亞特蘭蒂斯得到了名為“山銅”（奧利哈剛）的物質，創造了偉大的文明。但“山銅”的力量卻讓人們慢慢變得腐朽，最後成為怪物，國王達姿在親手斬殺變成怪物的王后之後，自己也成為了“山銅”的代理人，將亞特蘭蒂斯毀滅。
在“決鬥都市”大賽獲勝的暗遊戲帶著3張神之卡在記憶石板前準備進行儀式，但石板卻被黑暗力量冰封，其後神秘組織“多瑪”的“三劍客”突然出現並搶去了神之卡。 遊戲等人面對除無名之龍外無法破壞的“山銅結界（奧利哈剛的結界）”處境非常艱難。
“多瑪”組織的目的是利用一萬年前出現的“山銅”的力量，使用“山銅結界”奪取決鬥敗者的人的靈魂為祭品，從而使潛藏於地球深處的黑暗之神甦醒，實現最終目的——清洗整個腐朽的世界。世界發生了異象，遊戲也遭受到襲擊。遊戲在夢中受到決鬥怪獸精靈“黑魔術少女”的引領，獲得了“傳說之龍 蒂邁歐”的力量。
得到了帕加索斯邀請，遊戲與夥伴踏上了美國的土地。在此期間城之內和海馬相繼獲得了“傳說之龍”的力量。帕加索斯將1張“無名之卡”叫給了遊戲，提示會解開“傳說之龍”真正面目。暗遊戲在與“多瑪三劍客”之一的拉菲魯的決鬥中因急於求勝迷失了自我，被拉菲魯設局發動“山銅結界”消滅“蒂邁歐”， 逐漸暴露怕輸心理的他最終被拉菲魯打敗，
在靈魂即將被封印之際，表遊戲用“千年積木”打破結界，代替了暗遊戲接受封印。悲憤不平的暗遊戲踏上尋找夥伴的旅程。最終得到了達姿的父親鐵心和女兒克里斯的幫助，重新復活了“傳說之龍 蒂邁歐”。 在“多瑪”分部帕拉蒂斯公司的樓頂中，暗遊戲再次和拉菲魯決鬥，擊敗守護者·戴思塞斯後，拉菲魯心中的黑暗消失，自己故意敗北結束決鬥。
遊戲與海馬趕赴最後決戰之地，面對使用三重“山銅結界”的達姿，海馬也倒下了。但遊戲並沒有放棄，最後在羈絆的力量下喚醒了3條“傳說之龍”的真面目“傳說之騎士”，擊敗了達姿並且奪回了遊戲、海馬、城之內的靈魂。達姿以自己的靈魂代替三人的靈魂讓奧利哈剛之神復活，暗遊戲以三幻神擊敗奧利哈剛之神。
最終暗遊戲心中的記憶容器將達姿的黑暗完全吞噬，達姿與父王和女兒重歸亞特蘭蒂斯，“傳說之騎士”則完成任務回到決鬥怪獸世界。
擴充套件資料：
登場人物——
1、達姿
達姿是動畫《遊戲王DM》的反派BOSS之一。《遊戲王DM》“多瑪篇”章最終BOSS，一萬年前亞特蘭帝斯的帝王，操縱奧利哈剛之力。達姿，是遊戲王DM中著名的的哲學家，政治家，企業家。亞特蘭蒂斯帝國最後一任帝王，在其統治前期，亞特蘭蒂斯文明達到了巔峰，成為當時的世界之都。生產力極其豐富，人民衣食無憂。
按照他自己的說法，那時候的人們沒有什麼私心和慾望，過著淳樸踏實的生活。然而在其統治中後期，原本和平的亞特蘭蒂斯突然有一塊隕石“Orichalcos(奧利哈剛)”墜落，由於Orichalcos擁有神秘的力量，所以當時亞特蘭提斯的人民全利用Orichalcos的力量來工作或行使自己的慾望，令當時的亞特蘭蒂斯變得腐敗不堪、充滿了罪惡，
達茲看透了事實的真相，知道人類沒辦法戰勝自己的心靈黑暗面(慾望與罪惡)，所以決心利用奧雷卡爾克斯的力量毀滅了當時的亞特蘭蒂斯。一萬年之後，達姿同樣看見充滿了心靈黑暗面的現世，決心令奧利哈剛之神（Orichalcos）復活，再一次毀滅這個世界。
2、多瑪三劍客
多瑪三劍客指的《遊戲王DM》篇中的三位人物，即拉菲魯、巴龍、亞美魯達三人。拉菲魯、巴龍、亞美魯達三人被達姿選中，三人並稱為多瑪三劍客。多瑪組織的核心成員。被達姿選中並在其安排下成為部下。用於對付多瑪的宿敵傳說之龍和被其選中的決鬥者。拉菲魯VS暗遊戲（持有蒂邁歐之眼。）、巴龍VS城之內克也（持有赫謨之爪。）、亞美魯達VS海馬瀨人（持有克里底亞之牙。）。
能和遊戲、海馬、城之內匹敵，之前沒人贏過他們。拉菲魯和暗遊戲交手二次，前次勝利，後次故意失敗。亞美魯達和海馬交手二次，前次平手，後次失敗。巴龍和城之內交手一次，失敗。
他們雖然是達姿得力的助手，但是把他們的靈魂也拿來當奧利哈剛之神復活的祭品這點也早在達姿的計劃之內。三人的靈魂也被達姿當作祭品，奧利哈剛之神被三幻神擊敗後靈魂解放了，回到了肉體。
3、海馬瀨人
海馬瀨人，主角武藤遊戲的宿敵。海馬娛樂集團董事長，決鬥虛擬影像系統的發明者以及決鬥學院的創始人。卡組中有3張超級罕貴卡「青眼白龍」，青眼白龍世界有四張，因為卡組中相同一張卡片只允許有最多三張，海馬為了防止第四張成為敵人而在得到後將其撕毀。
親弟弟海馬圭平，兩人自小相依為命。年少的海馬已經精通心計，不擇手段地成為了海馬剛三郎的養子，後來更加將養父逼死，自己奪取了整個海馬集團。一開始是冷酷的人，雖然也重視弟弟，不過也會狠心對弟弟施加懲罰。但是在拼回了被遊戲擊碎的心之碎片後，開始重新審視自己，後來面對帕伽索斯時寧願用自己的性命要挾遊戲也要救回弟弟，正是其重要變化的證明。
在後來的決鬥都市以及王之記憶篇中，海馬都以遊戲的勁敵身份出現。他是關鍵人物，因此也能使用神之卡「歐貝利斯克的巨神兵」以及讀懂「太陽神的翼神龍」上的神官文字。經過多場決鬥，最後惜敗給遊戲，同時也看破了執念，贈卡給遊戲助其擊敗馬利克成為決鬥王。
145話（新的黑暗的鼓動）~184話（踏上光明之路）
劇情簡介：一萬年前，亞特蘭蒂斯得到了名為“山銅”（奧利哈剛）的物質，創造了偉大的文明。但“山銅”的力量卻讓人們慢慢變得腐朽，最後成為怪物，國王達姿在親手斬殺變成怪物的王后之後，自己也成為了“山銅”的代理人，將亞特蘭蒂斯毀滅。
在“決鬥都市”大賽獲勝的暗遊戲帶著3張神之卡在記憶石板前準備進行儀式，但石板卻被黑暗力量冰封，其後神秘組織“多瑪”的“三劍客”突然出現並搶去了神之卡。 遊戲等人面對除無名之龍外無法破壞的“山銅結界（奧利哈剛的結界）”處境非常艱難。
“多瑪”組織的目的是利用一萬年前出現的“山銅”的力量，使用“山銅結界”奪取決鬥敗者的人的靈魂為祭品，從而使潛藏於地球深處的黑暗之神甦醒，實現最終目的——清洗整個腐朽的世界。世界發生了異象，遊戲也遭受到襲擊。遊戲在夢中受到決鬥怪獸精靈“黑魔術少女”的引領，獲得了“傳說之龍 蒂邁歐”的力量。
得到了帕加索斯邀請，遊戲與夥伴踏上了美國的土地。在此期間城之內和海馬相繼獲得了“傳說之龍”的力量。帕加索斯將1張“無名之卡”叫給了遊戲，提示會解開“傳說之龍”真正面目。暗遊戲在與“多瑪三劍客”之一的拉菲魯的決鬥中因急於求勝迷失了自我，被拉菲魯設局發動“山銅結界”消滅“蒂邁歐”， 逐漸暴露怕輸心理的他最終被拉菲魯打敗，
在靈魂即將被封印之際，表遊戲用“千年積木”打破結界，代替了暗遊戲接受封印。悲憤不平的暗遊戲踏上尋找夥伴的旅程。最終得到了達姿的父親鐵心和女兒克里斯的幫助，重新復活了“傳說之龍 蒂邁歐”。 在“多瑪”分部帕拉蒂斯公司的樓頂中，暗遊戲再次和拉菲魯決鬥，擊敗守護者·戴思塞斯後，拉菲魯心中的黑暗消失，自己故意敗北結束決鬥。
遊戲與海馬趕赴最後決戰之地，面對使用三重“山銅結界”的達姿，海馬也倒下了。但遊戲並沒有放棄，最後在羈絆的力量下喚醒了3條“傳說之龍”的真面目“傳說之騎士”，擊敗了達姿並且奪回了遊戲、海馬、城之內的靈魂。達姿以自己的靈魂代替三人的靈魂讓奧利哈剛之神復活，暗遊戲以三幻神擊敗奧利哈剛之神。
最終暗遊戲心中的記憶容器將達姿的黑暗完全吞噬，達姿與父王和女兒重歸亞特蘭蒂斯，“傳說之騎士”則完成任務回到決鬥怪獸世界。
擴充套件資料：
登場人物——
1、達姿
達姿是動畫《遊戲王DM》的反派BOSS之一。《遊戲王DM》“多瑪篇”章最終BOSS，一萬年前亞特蘭帝斯的帝王，操縱奧利哈剛之力。達姿，是遊戲王DM中著名的的哲學家，政治家，企業家。亞特蘭蒂斯帝國最後一任帝王，在其統治前期，亞特蘭蒂斯文明達到了巔峰，成為當時的世界之都。生產力極其豐富，人民衣食無憂。
按照他自己的說法，那時候的人們沒有什麼私心和慾望，過著淳樸踏實的生活。然而在其統治中後期，原本和平的亞特蘭蒂斯突然有一塊隕石“Orichalcos(奧利哈剛)”墜落，由於Orichalcos擁有神秘的力量，所以當時亞特蘭提斯的人民全利用Orichalcos的力量來工作或行使自己的慾望，令當時的亞特蘭蒂斯變得腐敗不堪、充滿了罪惡，
達茲看透了事實的真相，知道人類沒辦法戰勝自己的心靈黑暗面(慾望與罪惡)，所以決心利用奧雷卡爾克斯的力量毀滅了當時的亞特蘭蒂斯。一萬年之後，達姿同樣看見充滿了心靈黑暗面的現世，決心令奧利哈剛之神（Orichalcos）復活，再一次毀滅這個世界。
2、多瑪三劍客
多瑪三劍客指的《遊戲王DM》篇中的三位人物，即拉菲魯、巴龍、亞美魯達三人。拉菲魯、巴龍、亞美魯達三人被達姿選中，三人並稱為多瑪三劍客。多瑪組織的核心成員。被達姿選中並在其安排下成為部下。用於對付多瑪的宿敵傳說之龍和被其選中的決鬥者。拉菲魯VS暗遊戲（持有蒂邁歐之眼。）、巴龍VS城之內克也（持有赫謨之爪。）、亞美魯達VS海馬瀨人（持有克里底亞之牙。）。
能和遊戲、海馬、城之內匹敵，之前沒人贏過他們。拉菲魯和暗遊戲交手二次，前次勝利，後次故意失敗。亞美魯達和海馬交手二次，前次平手，後次失敗。巴龍和城之內交手一次，失敗。
他們雖然是達姿得力的助手，但是把他們的靈魂也拿來當奧利哈剛之神復活的祭品這點也早在達姿的計劃之內。三人的靈魂也被達姿當作祭品，奧利哈剛之神被三幻神擊敗後靈魂解放了，回到了肉體。
3、海馬瀨人
海馬瀨人，主角武藤遊戲的宿敵。海馬娛樂集團董事長，決鬥虛擬影像系統的發明者以及決鬥學院的創始人。卡組中有3張超級罕貴卡「青眼白龍」，青眼白龍世界有四張，因為卡組中相同一張卡片只允許有最多三張，海馬為了防止第四張成為敵人而在得到後將其撕毀。
親弟弟海馬圭平，兩人自小相依為命。年少的海馬已經精通心計，不擇手段地成為了海馬剛三郎的養子，後來更加將養父逼死，自己奪取了整個海馬集團。一開始是冷酷的人，雖然也重視弟弟，不過也會狠心對弟弟施加懲罰。但是在拼回了被遊戲擊碎的心之碎片後，開始重新審視自己，後來面對帕伽索斯時寧願用自己的性命要挾遊戲也要救回弟弟，正是其重要變化的證明。
在後來的決鬥都市以及王之記憶篇中，海馬都以遊戲的勁敵身份出現。他是關鍵人物，因此也能使用神之卡「歐貝利斯克的巨神兵」以及讀懂「太陽神的翼神龍」上的神官文字。經過多場決鬥，最後惜敗給遊戲，同時也看破了執念，贈卡給遊戲助其擊敗馬利克成為決鬥王。