這兩部著作的根本不同在於其中記錄的歷史事件的可靠性和研究價值。

這兩本著作的相同之處都是反映了中國佛教禪宗的發展歷史及其禪宗內部派別的沿革過程。

《五燈會元》在宋代成書，所載史料均為佛教禪宗早期的歷史事實的反應，包括當時禪宗歷史人物的傳記，有些甚至是直接的歷史事件的記錄。

因此可以從中系統瞭解禪宗的發展歷史，對佛教教義的改造和理論的發展脈絡，客觀展示了禪宗對中國佛教的貢獻。

《指月錄》在明代成書，年代較晚。這個時候中國佛教禪宗已經越過頂峰時期，理論趨於成熟。同時，禪宗各派理論也趨於一致。在這種背景下，《指月錄》就成為一部反映禪宗各派公認理論的著作。

總的來說，這兩部著作的不同之處在於，如果想了解禪宗各派的不同，看《五燈會元》。如果想了解禪宗各派的相同之處，看《指月錄》。

補充一點，兩本著作有所不同，但並非是長短不同。畢竟，《指月錄》是摘抄前人的著作的一個集子，不可能在抄出新的東西來。

主要的不同在於《五燈會元》所記錄的歷史事實和言論具有多側面，中間有著微妙的差別。

換句話說，《五燈會元》記錄的言論有矛盾之處，顯示出禪宗當時處在在頓教和漸教兩派的爭論中，而《指月錄》則已經完全沒有這種現象。

這說明《指月錄》在編輯中已經有意識地對資料進行了有選擇的取捨。