首先要能正確區分基因相關的概念，詳見下圖。詳細說下非等位基因，非等位基因就是位於同源染色體的不同位置上或非同源染色體上的基因。可以這樣理解，非等位基因有兩種形式，一種是位於同源染色體上，位置不一樣，例如圖片中的A和b，另外一種就是位於非同源染色體上，例如圖中的A和D,B和C

非等位基因就是位於同源染色體的不同位置上或非同源染色體上的基因。

同源染色體（homologous chromosomes）是有絲分裂中期看到的長度和著絲點位置相同的兩個染色體，或減數分裂時看到的兩兩配對的染色體。同源染色體一個來自父體，一個來自母體；它們的形態、大小和結構一般相同。由於每種生物染色體的數目是一定的，所以它們的同源染色體的對數也一定。

並不是，非等位基因既可以位於非同源染色體上，也可以位於同源染色體上但位於不同位置。

回答這個問題首先理解什麼是等位基因：

等位基因就是指位於一對同源染色體相同位置上控制同一性狀不同形態的基因。例如：高中生物書上豌豆 控制顏色形狀的一對等位基因 綠色A基因 vs 黃色a基因。

等位基因不一定僅僅是兩個相對的性狀，也可能是三種或更多，如：ABO血型由 A、B、i三個等位基因控制。

等位基因的產生是基因突變的結果，基因突變包括：點突變、缺失、插入、重複、結構變異（易位、倒位）等等。

再簡單解釋什麼是同源染色體：

同源染色體是在二倍體生物細胞中，形態、結構基本相同的染色體，並在減數第一次分裂（參考減數分裂）的四分體時期中彼此聯會。

非等位基因是等位基因的補集。

也即非等位基因包括所有不是在同源染色體上的，或在同源染色體上但是不在同一位置（控制同一形狀）的。

用兩張圖說明：

同源染色體上的不同位置基因是一類非等位基因，如圖中的A和B、A和b，A和C，A和c，a和B，a和b，a和C，a和c，B和c，b和C。姐妹染色單體的交叉互換可以實現位於同源染色體上非等位基因的重組。

2. 非同源染色體上的基因是另一類非等位基因，如：A和B，A和b，a和B，a和b。減數分裂和精卵結合合一實現這一類非等位基因的重組。