一、滅菌條件不同

巴氏殺菌奶是將乳加熱到75℃～ 80℃溫度下，進行10～15秒的殺菌，瞬間殺死致病微生物。

超高溫滅菌奶是指在130℃～140℃溫度下，進行4～15秒的瞬間滅菌處理、完全破壞其中可生長的微生物和芽孢。

二、營養成分不同

牛奶採用短時巴氏殺菌後，會盡可能保留牛奶當中的營養成分，免疫蛋白、乳鐵蛋白等都能夠存活下來，水溶性維生素B族、維生素C等也能夠儘可能多地保留下來。巴氏奶保留的營養在95%以上。

牛奶經過超高溫殺菌後，雖然可以將細菌全數殺死，但是蛋白質在高溫下易變性，水溶性維生素也容易被破壞。

三、儲藏、運輸條件不同

由於巴氏殺菌奶含有一定的細菌，酵母含量高，在運輸和銷售過程中必須保持2℃～6℃ 的溫度，保質期多7天以內。如果不能維持這個溫度，巴氏奶中的酵母，大腸菌等會繁殖，產生毒素。

超高溫牛奶殺菌徹底，可以常溫儲存，根據包裝物的不同，可以儲存30天到6個月不等。比如，利樂包一般保質期為30天，利樂枕為45天，利樂磚為6個月。

四、新鮮度不同

巴氏殺菌奶對牛奶真實的風味基本沒有改變，不需要人為的新增任何物質，產品生產後透過產品檢驗後即可上市，所以產品最新鮮。國家規定，只有巴氏殺菌奶才可以稱為“鮮牛奶/乳”。

超高溫牛奶在高溫處理過程中，強烈的加熱使牛乳味道改變，產生了“蒸煮味”、焦味等不良的氣味，需要再後期透過香精和香料等物質人為調整。另外高溫奶生產完畢後需要5～7天的微生物檢驗才可以出廠，因此生產中需要的時間更長一些。

五、原料要求不同

根據國家規定，巴氏奶和學生奶必須100%使用生鮮奶，其他乳製品無此強制規定。