在元末群雄並起時，朱元璋從自己的老家淮西起義，直到取應天城（南京）才成為割據一方的梟雄，後來剿滅陳友諒，方國珍，將蒙元攆回大漠，建立明朝。南京就是其取得天下的根據地。所以朱元璋建都南京，朱元璋死後，被葬在南京郊外的明孝陵。

建文帝即位後，因削藩引發“靖難之役”。1402年，燕王朱棣攻破南京，建文帝下落不明。同年，朱棣即皇帝位。第二年，改元永樂，改北平為北京。1421年，朱棣遷都自己的根據地北京。

朱棣因為得位不正，離開南京返回自己勢力範圍北京不失為明智之舉。當時天下平定多年，大明王朝的唯一對對手就是塞外的遊牧民族。朱棣遷都北京，容易形成皇帝的憂患意識，這就是“天子守國門”。

北京隸屬直隸，就是中央直接隸屬的意思，南京又稱南直隸，除皇帝不在此城外，保留了一整套的中央政府官僚體系，南京做了幾十年的首都，其所在的南直隸所轄的地區，乃經濟最發達的地區，有天下賦稅三成多出自於此之說。故南京為經濟中心，北京為政治中心。

兩京制本身是一個可進可退的明智選擇。但是在實際中也有負面影響。皇帝身處北京，離前線太近。天子守國門，英宗親征被蒙古被俘虜，蒙古鐵騎一個衝鋒圍困北京。明朝末年，滿清八旗就屢次攻到北京城下。北京雖然危機，但是作為大明帝國的經濟中心南京並沒有受到打擊，若崇禎皇帝遷都南京，會是另一個局面。可惜崇禎皇帝是個死要面子活受罪的鴕鳥。兩京制的優勢也就沒有顯現出來。

南京是其龍興之地，北京是朱棣之後正式首都，天子守國門之處，明朝的軍事威脅主要來自北方的蒙古高原，以及後期的東北地區，定都北京能有效防禦遊牧和漁獵民族入侵，保護中原。

兩京制並非明朝首創，周朝就有兩京，宗周鎬京，成周洛邑；唐朝西京長安，東都洛陽；元朝上京和林，大都北京；清朝盛京瀋陽，京師北京。