1。產生形式不同：（1）外毒素指的是在細菌在生活過程中菌體內產生並分泌到菌體外的毒素，大多為蛋白質，易提取，不耐熱。（2）內毒素指的是某些革蘭氏陰性菌在生活過程中產生，以脂多糖的形式存在於細胞壁上，菌體裂解後釋放，不易提取，耐熱。2。毒性作用不同：（1）外毒素強，對組織器官有選擇性毒害效應，引起特殊臨床表現（2）內毒素較弱，各菌的毒性效應大致相同，引起發熱、白細胞增多、微迴圈障礙、

3。抗原性不同：（1）外毒素強，刺激機體產生抗毒素；甲醛液處理脫毒形成類毒素；（2）內毒素弱，刺激機體產生的中和抗體作用弱；甲醛液處理不形成類毒素。

內毒素是革蘭氏陰性細菌細胞壁中的一種成分，叫做脂多糖。

內毒素只有當細菌死亡溶解或用人工方法破壞菌細胞後才釋放出來，所以叫做內毒素。對宿主是有毒性的，其毒性成分主要為類脂質A。內毒素位於細胞壁的最外層、覆蓋於細胞壁的黏肽上。各種細菌的內毒素的毒性作用較弱，大致相同，可引起發熱、微迴圈障礙、內毒素休克及播散性血管內凝血等。內毒素耐熱而穩定，抗原性弱，耐熱。外毒素是指某些病原菌生長繁殖過程中分泌到菌體外的一種代謝產物，為次級代謝產物。其主要成分為可溶性蛋白質。許多革蘭氏陽性菌及部分革蘭氏陰性菌等均能產生外毒素。外毒素不耐熱、不穩定、抗原性強，可刺激機體產生抗毒素，可中和外毒素，用作治療