最大的區別有二點。一是軍用運輸機一般都要強調在前線簡易機場跑道的起降能力，甚至是遭破壞後簡單修復的跑道上起降的能力。二是軍用運輸機機腹後部艙門放下來就是供車輛上下的跳板。因此軍用運輸機大多數上尾翼。

普通民航貨機和客機基本一樣，大部分貨機由客機改型而來，對跑道的要求，和貨倉門的設計與客機基本一樣。

從結構上來說，軍用運輸機相比民用貨機機身要更粗大，貨艙高度和寬度也更大，一般必須要求具備能夠運輸本國大多數武器裝備的需求。另外軍機首部或尾部設有大艙門，貨倉裝有吊車、絞盤和地板裝有滾珠便於大型裝備、車輛從飛機前後面快速裝卸，在空中開啟後艙門還可空投大型裝備。

軍機一般採用上單翼佈局，上單翼佈局能夠保證發動機有足夠的離地高度，在野戰沙石地面等簡易機場起降時避免發動機吸入異物，民用運輸機則沒必要，平時都在民用機場跑道起降，為了便於對機翼下的發動機進行檢修，一般採用下單翼。軍機還採用多輪式起落架和低壓輪胎，這是為了減低輪胎與跑道間的壓強，便於飛機在較鬆軟的土跑道上順利起降和滑行。而且軍機的前後起落架一般都具備下蹲能力，以便降低貨倉地板高度更容易裝卸大型裝置物資。

軍用運輸機與民用飛機最大的區別其實不是機翼和起落架的佈局和結構設計，而是設計理念的不同。軍用運輸機的設計理念是“會飛的貨倉”，它要求的是承載能力和巨大的空間；而民用運輸機的設計理念追求是舒適性、經濟性和飛行的安全性，因此更多的是對平臺氣動效能和操縱性的要求。因為功能要求不同，所以才會有結構佈局的差異，民用飛機要求飛機機身具有良好的流線型，而軍用運輸機則要求機身具有足夠大的空間和結構強度。在寬體客機出現之前民用運輸機一般設計得比較細長，而軍用運輸機設計的比較粗胖，這是外觀的直觀特徵。從設計的更高要求上分析，由於民用飛機的運載能力不成問題，設計上更多的考慮經濟性，因此它在設計上更關注細節，而軍用運輸機最重要的技術指標是承載能力與航程，因此對發動機、燃油系統、飛機的巡航效能要求很高。專為戰場條件下使用設計的軍用運輸機在普通民用環境下使用成本頗高。

民用貨機一般都是在同類型客機基礎上改裝而來的，在具備客機所擁有的安全經濟性指標的情況下，主要是用於裝載標準貨盤，強調的是能夠裝載多少個貨盤，一般不會顧及到非標準尺寸貨物的運輸需求。而軍機則首要考慮的是對於本國軍用武器的裝載能力，而軍用裝置有大有小，有長有短，所以在貨倉設計上的取捨更難以下手，既要保證能夠運輸軍用裝置物資還要具備能夠運輸特種作戰需求的能力（直升機，袖珍潛艇等超常規尺寸裝置）。

還有一個就是軍機比民機更重要的一點是對於跑道的要求更低，軍機可以在沒有跑道的沙石、草坪等非鋪裝路面起降，而且起降距離短，而民機則相反，如果沒有適合起降標準的跑道墜毀的可能性很大。

從結構上來說，軍用運輸機相比民用運輸機機身要更粗大，貨艙地板面積也更大，另外軍機尾部設有大艙門，便於大型裝備、車輛從飛機後面裝卸，在空中開啟後艙門還可空投大型裝備。

軍機一般採用上單翼佈局，上單翼佈局能夠保證發動機有足夠的離地高度，在野戰簡易機場起降時避免發動機吸入異物，民用運輸機則不然，平時都在標準機場起降，為了便於對機翼下的發動機進行檢修，一般採用下單翼。軍機還採用多輪式起落架和低壓輪胎，這是為了減低輪胎與跑道間的壓強，便於飛機在較鬆軟的土跑道上順利起降和滑行。

軍用運輸機與民用飛機最大的區別其實也不是機翼和起落架的佈局和結構設計，而是設計理念的不同。軍用運輸機的設計理念是“會飛的貨倉”，它要求的是承載能力和巨大的空間；而民用運輸機的設計理念追求旅客的舒適性、運營的經濟性和飛行的安全性，因此更多的是對平臺氣動效能和操縱性的要求。因為功能要求不同，所以才會有結構佈局的差異，

民用飛機要求飛機機身具有良好的流線型，而軍用運輸機則要求機身具有足夠大的空間和結構強度。在寬體客機出現之前民用運輸機一般設計得比較細長，而軍用運輸機設計的比較粗胖，這是外觀的直觀特徵。

從設計的更高要求上分析，由於民用飛機的運載能力不成問題，設計上更多的考慮經濟性，因此它在設計上更關注細節，而軍用運輸機最重要的技術指標是承載能力與航程，因此對發動機、燃油系統、飛機的巡航效能要求很高。專為戰場條件下使用設計的軍用運輸機在普通民用環境下使用成本頗高，一兩架還可以，大規模機隊使用的話，沒有哪個國家會這麼奢侈，也養不起。

總而言之，客機永遠都是追求舒適，安全，經濟的。而軍用運輸機要追求大的有效載荷，大航程的。最重要的是還要能滿足嚴苛的使用維護環境，在簡陋的機場上起降。因此從整體氣動設計到機身結構都有很大不同，雖然是由不少相同的地方。

先說說外形上，普通的貨運飛機一般都是比較修長的，這樣的好處就是可以減小飛行的阻力，省油和提高航程。

而軍用運輸機，像中國的運20，美國的C17等，機形都是又短又粗，這樣的設計主要是考慮到了運輸貨物的特殊性，像主戰坦克，火炮以及戰車等。

再者就是動力系統，貨運飛機的起降環境和普通民航客機基本一樣，擁有長距離的跑道，但是軍用運輸機則要具備短距離起降能力和複雜的環境起降能力，即便沒有跑道依然可以進行起降。

此外，軍用運輸機還要具備空投能力，能夠低空飛行，將戰備物資準確地投送到指定地點。