協議出讓，是從前最主要的一種政府供地方式，和掛牌出讓一樣也屬有償出讓。

協議出讓的優點是：政府對地價較易控制、靈活性大；缺點是：沒有引入充分的競爭機制，缺乏公正性，不利於公平競爭，容易滋生以權謀私、權錢交易等腐敗現象。

總的來說，協議出讓與掛牌出讓主要有三方面的區別：

1、適用範圍不同（土地類別），這是兩者最重要的區別。

《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規定》明確了招標拍賣掛牌的範圍，即：商業、旅遊、娛樂和住宅等各類經營性用地，必須以招標、拍賣或者掛牌方式出讓。除此之外的其他型別用地（主要有：工業、倉儲、或其他重點扶持的專案用地）可以協議方式出讓。

在政策執行概念上可以這樣理解：掛牌出讓為土地出讓的一般方式，協議出讓是土地出讓的特殊方式。

2、土地使用權出讓金定價方式不同。

協議出讓是政府與土地使用者協商定價的，而掛牌出讓則是社會公開競價。

3、土地出讓最低價的限定原則不同。

協議出讓土地的最低價不得低於土地有償使用費、徵地成本以及按照國家規定應當繳納的有關費用之和，有基準地價的，不得低於基準地價的70%；掛牌出讓的土地其起拍價就是最低價，這個起拍價是根據土地估價結果和政府產業政策等條件綜合評定的。

基於上述三個不同點，協議出讓的土地在修建與用途上有較為固定且嚴格的限制，若需轉讓協議出讓的用地或改變協議出讓用地的性質，都需要補齊相關費用，補齊的額度往往以同區域內相應型別土地的掛牌成交均價或評估價作參考，扣除協議土地款部分。此外也有其他的一些變通處理辦法。