原因有以下三點：

首先，商鞅的變法觸動了貴族階層的利益，遭到他們的反對。商鞅變法廢除了井田制，承認了土地私有和買賣，商鞅這一做法，鼓勵了百姓重視農業生產，提高了百姓的生產積極性，迎合了新興土地階層的利益。但是，損害了貴族階層的根本利益，加上，商鞅廢除了世卿世祿制度，這一做法更是引起貴族階層的強烈不滿。秦孝公時期，對商鞅變法十分重視和推崇，貴族階層不敢輕易彈劾商鞅。秦孝公去世後，商鞅便遭到貴族階層的圍攻。

其次，商鞅變法威脅到了統治階層的利益。商鞅變法在秦國進行的十分順利，一個重要的原因就是得到了秦孝公的支援，另一個原因就是得到了廣大秦國子民的擁護。商鞅變法的成功，讓商鞅個人在秦國也成為了家喻戶曉的人物。為了褒獎商鞅，秦孝公還封地給他，商鞅手上又有重權，這點讓剛即位的嬴駟很不安心。朝中大臣誣陷商鞅要謀反，嬴駟藉此機會，抓捕商鞅。並且將商鞅的同黨一併剿滅，不給他們留有發言權，嬴駟的這一做法，鞏固了自己的統治。

最後，嬴駟在當太子時，因為觸犯了新法令，商鞅認為太子觸犯法令更要以身作則接受懲罰，礙於太子年幼，便用重刑懲罰了嬴駟的老師贏虔和公孫賈。這一做法讓嬴駟懷恨在心，在他即位後，第一件事就是以謀反之罪抓捕商鞅將其處決。

1: 商鞅權威太重，有不賞之功，殺商鞅可鞏固皇權。

2：緩和舊貴族與變法的矛盾，爭取舊貴族支援，實行政權平穩過渡。

3：私怨。