一、性質不同

1、隱性基因：一種等位基因，只有該基因是純合時，其決定的性狀才會表達出來。

2、顯性基因：無論該基因是純合的還是雜合的，它都會被表達出來。

二、與遺傳的關係不同

1、隱性基因：純合子的基因要麼是雙顯性要麼是雙隱性。如果顯性用大寫字母表示，隱性用小寫字母表示，AA組合的純合子為顯性純合子，aa組合的純合子為隱性純合子，而一個大寫和一個小寫組合的Aa就是雜合子。雜合子表現出由顯性基因決定的性狀，這是顯性基因的“優先權”。

2、顯性基因：顯性基因控制顯性性狀的等位基因。在二倍體生物中，在雜合子狀態下可以表現為表型的基因稱為顯性基因。顯性基因往往形成功能物質（如酶），而顯性基因的隱性等位基因由於相應核苷酸的突變而不能產生這種物質，因此只有雜合子中的顯性基因才能發揮正常功能（顯性）。

擴充套件資料：

顯性基因用大寫字母表示。例如（Xx）：這裡X代表顯性野生型等位基因，而x代表隱性突變體等位基因。

1、（XX）：純合顯性（X表型-野生型）

2、（Xx）：雜合（X表型-野生型。顯性等位基因掩蓋了隱性等位基因的表達）。

3、（xx）：純合隱性（x表型-突變體表型）