首先，對於義和團的認識，在清廷內部就有很大的不同。以袁世凱為首的漢族地主階層，一直就認為應該進行殘酷鎮壓，所以當清廷借用義和團對洋人宣戰後，很多以漢族督撫為主的省份居然和洋人簽訂了所謂的《東南互保章程》。而支援義和團的毓賢等人，不過希望利用義和團的“保守和封閉”去打擊漢族地主不斷提出的各種新要求。慈禧太后，對於義和團只是利用，毫無支援，甚至在北京義和團攻擊西什庫教堂的時候，還派人給裡面的洋人運輸食物和淡水。清廷內部，對於義和團就用三種不同目的。所以，從來沒有真正的支援過義和團，所以當洋人施壓，慈禧西逃，清軍調轉槍口鎮壓義和團一點也不奇怪。

另外，義和團的興起和發展過程中，最開始提出的口號是“掃清滅洋”。這種帶有一定宗教色彩的組織，對於歷代封建統治者來說都會如臨大敵。所以。在義和團興起之初，就遭到了殘酷的鎮壓。直到他們從山東北上直隸，進入北京後，才因為人多勢大在一定程度威懾了清廷不敢輕易鎮壓。當義和團在前線損失慘重後，清軍藉機鎮壓就是一種必然發生的事情了。

最後，就是義和團不是一個統一的組織，形不成合理。義和團一般以“壇”為基本組織單位，拜在不同的大師兄旗下，據說義和團著名的大師兄有朱紅燈、曹福田、趙三多、張德成等人。所以，就出現了這樣的問題，義和團的人數雖然眾多，但是每個大師兄旗下不過萬人或五千人，他們之間完全是靠對付洋人的共同信念結成一個鬆散的聯盟，相互之間形不成一個有效的組織，更無法形成攻擊洋人和對抗清廷的合力。所以，當他們在各自大師兄領導下，進攻洋人時，無疑於添油戰術，逐次使用兵力，他們的大刀長矛和符水，根本抵擋不了洋槍洋炮的打擊，所以一旦有生力量大量損耗，清軍就會藉機清剿。