衣原體和衣原體都是介於細菌和病毒之間的微生物，但是支原體和衣原體是兩種不同的病原微生體，支原體比較小，衣原體相對比較大，主要是引起人體的泌尿生殖系統的感染。衣原體還可以引起沙眼、肺炎、鸚鵡熱等傳染性疾病。這兩種病原體可以同時存在於人體，感染人體的泌尿生殖系統，在醫學上統稱為非淋菌性尿道炎或者宮頸炎。這兩種病原體可以同時存在，也可以單獨存在，目前在臨床上是把衣原體和支原體歸為一類來講的。

支原體（mycoplasma）是一類沒有細胞壁、高度多形性、能透過濾菌器、可用人工培養基培養增殖的最小原核細胞型微生物，大小為0.1～0.3微米。由於能形成絲狀與分枝形狀，故稱為支原體。支原體廣泛存在於人和動物體內，大多不致病，對人致病的支原體主要有肺炎支原體、溶脲脲原體、人型支原體、生殖器支原體等。巨噬細胞、lgG及IgM對支原體均有一定的殺傷作用。

衣原體（chlamydia）是一組極小的，非運動性的，專在細胞內生長的微生物。衣原體可分為4種，即肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體、沙眼衣原體和牛衣原體。

衣原體為革蘭陰性病原體，是一類能透過細菌濾器、在細胞內寄生、有獨特發育週期的原核細胞性微生物。衣原體是一種比細菌小但比病毒大的生物，是專性細胞內寄生的、近似細菌與病毒的病原體，具有兩相生活環。它沒有合成高能化合物ATP、GTP的能力，必須由宿主細胞提供，因而成為能量寄生物，多呈球狀、堆狀，有細胞壁，有細胞膜，屬原核細胞，一般寄生在動物細胞內。目前區分為沙眼、肺炎、鸚鵡與家畜等四種衣原體。

衣原體和支原體均屬於致病微生物，加起來有數百種，但真正能引起人類發病的不多，衣原體裡主要有沙眼衣原體，沙眼衣原體有幾個變種，包括肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體，沙眼衣原體可引起沙眼，沙眼衣原體變種可引起生殖道感染。肺炎衣原體主要引起肺炎，鸚鵡熱衣原體也主要引起肺炎。支原體裡致病最多的是肺炎支原體、生殖道支原體，這兩類感染在臨床上引起沙眼和肺炎。支原體可引起生殖道感染，非淋菌性尿道炎的主要病原體即支原體。