1、能耗大。膜法海水淡化的反滲透膜進水壓力大,能量回收效率低,以至於能耗很大；2、應用於海水淡化的反滲透膜基本上都被國外脫鹽膜公司壟斷,中國產膜雖然便宜,但是質量與國外老牌膜公司的膜質量比較起來還有很長的路走。以至於投資成本太大；3、海水預處理工藝有待進一步研究.各個地域的海水質量不一樣,例如中國渤海海域的海水質量質量較差,預處理難度大,膜汙染嚴重,執行成本高,相對於中東的海水淡化工程而言,同樣的膜不同地區使用壽命有很大的差異。4、執行成本較高。裝置的清洗和防腐投入較高。5、氣候影響也較大。

海水淡化也稱海水化淡、海水脫鹽，指將水中的多餘鹽分和礦物質去除得到淡水的工序，從海水中取得淡水的過程即被稱為海水淡化。海水淡化是實現水資源利用的開源增量技術，可以增加淡水總量，且不受時空和氣候影響，水質好、價格漸趨合理，可以保障沿海居民飲用水和工業鍋爐補水等穩定供水。現在所用的海水淡化方法有海水凍結法、電滲析法、蒸餾法、反滲透法，目前應用反滲透膜的反滲透法以其裝置簡單、易於維護和裝置模組化的優點迅速佔領市場，逐步取代蒸餾法成為應用最廣泛的方法。世界上淡水資源不足，已成為人們日益關切的問題。有人預言，19世紀爭煤，20世紀爭油，21世紀可能爭水。

作為水資源的開源增量技術，海水淡化已經成為解決全球水資源危機的重要途徑。到2006年，世界上已有120多個國家和地區在應用海水淡化技術，全球海水淡化日產量約3775萬噸，其中80%用於飲用水，解決了1億多人的供水問題。

“向海洋要淡水”已經形成了方興未艾的產業。截至2006年底，中國日淡化海水能力接近15萬噸，比上一年翻一番。中國在反滲透法、蒸餾法等主流海水淡化關鍵技術方面均取得重大突破，完成了自主智慧財產權的3000立方米/日低溫多效海水淡化工程，以及5000立方米/日反滲透海水淡化工程；海水直流冷卻技術已進入萬立方米/小時級產業化示範階段。中國海水淡化成本逐步下降，已接近5元/立方米。

中國海水淡化雖基本具備了產業化發展條件，但研究水平及創新能力、裝備的開發製造能力、系統設計和整合等方面與國外仍有較大的差距。當務之急是儘快形成中國海水淡化裝置市場的完整產業鏈條。圍繞制約海水淡化成本降低的關鍵問題，發展膜與膜材料、關鍵裝備等核心技術，研發具有自主智慧財產權的海水淡化新技術、新工藝、新裝備和新產品，提高關鍵材料和關鍵裝置的中國產化率，增強自主建設大型海水淡化工程的能力。

未來20年內國際海水淡化市場有近700億美元的商機，中國應占有充分份額。根據全國海水利用專項規劃，到2010年，中國海水淡化規模達到每日80萬至100萬噸，2020年中國海水淡化能力達到每日250萬至300萬噸，尤其是國家積極支援海水淡化產業，自2008年1月1日起，企業的海水淡化工程所得免徵所得稅。中國海水淡化產業發展前景廣闊。