小說中的九天玄女，又稱玄女，九天娘娘，乃上古授英雄兵法，幫英雄懲奸除惡的高階女仙和術數神。九天玄女在遠古炎黃時代地位還要尊崇的多，有一說為炎帝之母，另一說是黃帝某位師傅之徒，曾助黃帝破蚩尤。她的傳說最晚在先秦。後來隨著男尊女卑觀念的形成，特別是在民間，女神們的地位遠沒有遠古時高了。九天玄女亦屬道教，出現在遠古的傳說，玉皇大帝出現在商周之交的時期，同屬道教，九天玄女該是玉皇大帝的師門祖師時代的先輩吧。後來不管地位高低，該是道教神仙界的同事吧。但是九天玄女是不受玉帝節制的。

九天玄女，也稱九天娘娘。與玉帝或玉皇大帝。他們之間關係倒沒有，可能是母系社會向父系社會轉變過程中傳說的反映吧。

先看九天玄女，關於九天玄女來歷說法有很多種。

一說九天玄女原型為鳥，奉天帝（封神之前的上古神君）之命誕下商祖。

二說九天玄女為炎帝之母

三說九天玄女為天開前清明之氣所化，道真之長，道法之尊。

由此可見玄女為上古大神，是和三清，盤古，女媧，伏羲一個時代的。在神格中僅次於西王母（注，並非廣義上的王母娘娘）

而玉帝玄穹，原名張百忍，是封神榜封的天君。封神故事是是商周交替時期的產物了。

中國神話故事是有斷代的，一是以山海經為代表的上古神，故事背景也大都以遠古部落圖騰為主，如祝融，伏羲，應龍，旱魃等而後百家爭鳴時期以及五斗米教（道教前身）的興起又出現了宗教人物，如泰山神，三清道祖。最後由於封建皇權的影響，地下都是皇帝最大，天上也得是吧？又產生了玉皇大帝統領三界的故事。

兩邊的故事沒有對比性，大家也不用較真。而本身神話人物也是衝突的。

東嶽大帝&閻王爺&地藏王菩薩，誰才管輪迴？祝融&火德星君，誰才是真火神？玉皇大帝為三界至尊，那麼人皇軒轅昇天後幹嘛去了？三清怎麼排？人祖女媧呢？天皇伏羲呢？五嶽大帝呢？

九天玄女和玉皇大帝並沒有什麼關係，壓根不是一套神話體系的人物，按年代論，算是玉皇大帝的前輩吧。