二十六年（1900）夏，京畿義和團與清軍及英國侵略者等發生衝突。五月初九（6月5日），趙奉慈禧命赴涿州檢視，認為義和團不可依靠。但由於也奉派在涿州檢視義和團的協辦大學士剛毅力主藉助義和團對付外人，加上慈禧亦主張利用義和團，他為恃祿保位，便迎合慈禧、剛毅回奏朝廷。不久，八國聯軍攻陷北京，慈禧、光緒帝等倉皇出逃，趙亦隨至西安。聯軍頭目向清廷全權代表奕劻、李鴻章提出重懲“首禍諸臣”。
“首禍”者中，洋人不便追究慈禧，剛毅又在西逃途中病亡，能予以“重懲”者，就是趙等了。清廷起初給趙以“革職留任”處分，但洋人堅持重辦，並以武力步步威脅。清廷屈從於帝國主義的壓力，改為“交部嚴處”，又改“斬監候”，再改“斬立決”。
訊息傳出，陝人不服。二十七年正月初二（1901年2月20日） 西安紳民為趙請命，聚集者近萬人。但奕劻、李鴻章電奏朝廷，聲稱如不按外國照會辦理，將斷難阻止瓦德西率軍西進。清廷只得再改“斬立決”為賜令自盡。正月初三（2月21日） ，趙吞金及砒霜均未死，監刑人、陝西巡撫岑春煊再三催逼，趙的親眷只好以綿紙遍糊其七竅，再灌酒而悶煞，反覆數次始亡。由於帝國主義的要挾和“主剿派”尤其是東南督撫的議論，慈禧對趙舒翹雖頗有袒護之意，但對其處理卻不得不層層加碼。原定“革職留任”，後改為“交部議處”，1901年2月5日再改為“暫監候”，最後定為“斬立決”；迫於西安紳民聚眾請願，為了避免意外終於易為“賜令自盡”。趙舒翹“終受大辟，實出外人要迫，並非太后之本心”。慈禧對於趙舒翹已處於愛莫能助的境地。遺稿由其友人王步瀛編成《慎齋文集》十卷、《慎齋別集》四卷印行。
二十六年（1900）夏，京畿義和團與清軍及英國侵略者等發生衝突。五月初九（6月5日），趙奉慈禧命赴涿州檢視，認為義和團不可依靠。但由於也奉派在涿州檢視義和團的協辦大學士剛毅力主藉助義和團對付外人，加上慈禧亦主張利用義和團，他為恃祿保位，便迎合慈禧、剛毅回奏朝廷。不久，八國聯軍攻陷北京，慈禧、光緒帝等倉皇出逃，趙亦隨至西安。聯軍頭目向清廷全權代表奕劻、李鴻章提出重懲“首禍諸臣”。
“首禍”者中，洋人不便追究慈禧，剛毅又在西逃途中病亡，能予以“重懲”者，就是趙等了。清廷起初給趙以“革職留任”處分，但洋人堅持重辦，並以武力步步威脅。清廷屈從於帝國主義的壓力，改為“交部嚴處”，又改“斬監候”，再改“斬立決”。
訊息傳出，陝人不服。二十七年正月初二（1901年2月20日） 西安紳民為趙請命，聚集者近萬人。但奕劻、李鴻章電奏朝廷，聲稱如不按外國照會辦理，將斷難阻止瓦德西率軍西進。清廷只得再改“斬立決”為賜令自盡。正月初三（2月21日） ，趙吞金及砒霜均未死，監刑人、陝西巡撫岑春煊再三催逼，趙的親眷只好以綿紙遍糊其七竅，再灌酒而悶煞，反覆數次始亡。由於帝國主義的要挾和“主剿派”尤其是東南督撫的議論，慈禧對趙舒翹雖頗有袒護之意，但對其處理卻不得不層層加碼。原定“革職留任”，後改為“交部議處”，1901年2月5日再改為“暫監候”，最後定為“斬立決”；迫於西安紳民聚眾請願，為了避免意外終於易為“賜令自盡”。趙舒翹“終受大辟，實出外人要迫，並非太后之本心”。慈禧對於趙舒翹已處於愛莫能助的境地。遺稿由其友人王步瀛編成《慎齋文集》十卷、《慎齋別集》四卷印行。