1、病原體不同：⑴引起細菌性痢疾的病原體是痢疾桿菌，屬於志賀氏菌屬。痢疾桿菌是革蘭染色陰性的短桿菌，按抗原結構和生化反應可分為四群，即福氏菌、宋內氏菌、鮑氏菌和志賀氏菌。⑵而阿米巴痢疾是溶組織阿米巴引起的，溶組織阿米巴有大滋養體、小滋養體和包囊等三種類型，以包囊為感染體，大滋養體主要見於急性阿米巴痢疾病人的大便中，而包囊則主要存在於慢性阿米巴痢疾病人或排包囊者的大便中。2、臨床表現不同：⑴細菌性痢疾以結腸的化膿性、潰瘍性炎症為基本的病理改變，臨床以發熱、腹痛、粘液和膿血便、裡急後重及腹部壓痛為特徵。人被感染後，潛伏期為數小時至7天，多數為1～3天。本病主要的傳染源是患者及帶菌者。病菌由大便排出，透過汙染的手、水、食物、蠅和用具傳播，而經口感染。細菌性痢疾全年均有發病，但以夏秋季為多見。兒童發病率一般較高，細菌性痢疾通常分為急性細菌性痢疾及慢性細菌性痢疾兩大類。急性典型細菌性痢疾常見發熱、腹痛、裡急後重等症狀，並排出粘液膿血便。患者如能得到及時治療，預後良好；若急性細菌性痢疾治療不徹底，機體免疫功能低下，則可轉為慢性。⑵阿米巴痢疾是溶組織阿米巴侵入結腸壁後引起的以痢疾症狀為主的腸道傳染病，病變主要在盲腸與升結腸。臨床表現以腹痛、腹瀉、排暗紅色果醬樣大便為特徵。大便呈果醬樣，有腐臭，此病易於變為慢性病，有復發的傾向，並易於發生肝膿腫、腸出血、腸穿孔和闌尾炎等併發症。傳染源主要是慢性阿米巴痢疾病人和排包囊者。臨床上可分以下幾種型別：排包囊者是受溶組織阿米巴感染後最多見的一型，普通型是較易識別的痢疾型，暴發型是較少見的一型，慢性型常為普通型的繼續，或為不明顯的輕型腹瀉發展而來。