1996~1997賽季的黑暗讓馬刺隊獲得了真正的總冠軍基石。賽季結束，馬刺隊幸運地抽中了改變馬刺歷史的狀元籤，選中了“石佛”蒂姆·鄧肯。
在接下來的1997~1998賽季，馬刺取得了長足的進步，常規賽56勝26負，比之前的一個賽季多贏了36場，並殺進了西部半決賽。
鄧肯在新秀賽季就打出了全明星的表現，場均得到了21.1分、11.9個籃板和2.51次蓋帽，並取得了57次“兩雙”，而羅賓遜的傷勢也恢復得比較成功，取得了21.6分、10.6個籃板的成績。
就像人們沒有預料到馬刺能夠在1998年取得那麼出色的成績一樣，人們同樣沒想到他們能夠以如此快的速度完成了質變。在1998~1999的縮水賽季中，他們常規賽37勝13負，順利進入季後賽，隨後竟然又分別淘汰森林狼、湖人和開拓者等強隊，一路殺進了總決賽。在總決賽中，僅僅進入聯盟兩年的鄧肯拿到了27.4分、14個籃板、2.2次蓋帽的成績，幫助馬刺隊4比1戰勝尼克斯隊，奪得了隊史上第一個NBA總冠軍。鄧肯獲得總決賽MVP，他也掀開了馬刺王朝的序幕。
接下去的三個賽季，馬刺隊仍然稱雄於西部聯盟，三年都進入了季後賽，在2000~2001賽季殺進了西部決賽，無奈輸給了當時如日中天的湖人隊。但是“石佛”經過不斷打磨，已經成為聯盟中最出色的內線球員，而隨著吉諾比利和帕克的先後加入，馬刺隊找到了新的動力。
2002~2003賽季是“雙塔時代”的最後一個賽季，帕克已經成為馬刺隊的首發控球后衛，在頂級內線身邊，馬刺有了十分合理的配置，陣容中有馬里克·羅斯這樣的內線幫手，又有斯蒂夫·傑克遜、布魯斯·鮑文這樣的防守悍將。加上吉諾比利這樣的突破利器，馬刺隊在季後賽中一路淘汰了太陽隊、湖人隊和小牛隊，在總決賽以4比2戰勝了網隊，贏得了球隊歷史上第二座NBA總冠軍獎盃。球隊的絕對核心“石佛”鄧肯包攬了常規賽和總決賽的MVP，羅賓遜則在本賽季結束後選擇功成身退。
1996~1997賽季的黑暗讓馬刺隊獲得了真正的總冠軍基石。賽季結束，馬刺隊幸運地抽中了改變馬刺歷史的狀元籤，選中了“石佛”蒂姆·鄧肯。
在接下來的1997~1998賽季，馬刺取得了長足的進步，常規賽56勝26負，比之前的一個賽季多贏了36場，並殺進了西部半決賽。
鄧肯在新秀賽季就打出了全明星的表現，場均得到了21.1分、11.9個籃板和2.51次蓋帽，並取得了57次“兩雙”，而羅賓遜的傷勢也恢復得比較成功，取得了21.6分、10.6個籃板的成績。
就像人們沒有預料到馬刺能夠在1998年取得那麼出色的成績一樣，人們同樣沒想到他們能夠以如此快的速度完成了質變。在1998~1999的縮水賽季中，他們常規賽37勝13負，順利進入季後賽，隨後竟然又分別淘汰森林狼、湖人和開拓者等強隊，一路殺進了總決賽。在總決賽中，僅僅進入聯盟兩年的鄧肯拿到了27.4分、14個籃板、2.2次蓋帽的成績，幫助馬刺隊4比1戰勝尼克斯隊，奪得了隊史上第一個NBA總冠軍。鄧肯獲得總決賽MVP，他也掀開了馬刺王朝的序幕。
接下去的三個賽季，馬刺隊仍然稱雄於西部聯盟，三年都進入了季後賽，在2000~2001賽季殺進了西部決賽，無奈輸給了當時如日中天的湖人隊。但是“石佛”經過不斷打磨，已經成為聯盟中最出色的內線球員，而隨著吉諾比利和帕克的先後加入，馬刺隊找到了新的動力。
2002~2003賽季是“雙塔時代”的最後一個賽季，帕克已經成為馬刺隊的首發控球后衛，在頂級內線身邊，馬刺有了十分合理的配置，陣容中有馬里克·羅斯這樣的內線幫手，又有斯蒂夫·傑克遜、布魯斯·鮑文這樣的防守悍將。加上吉諾比利這樣的突破利器，馬刺隊在季後賽中一路淘汰了太陽隊、湖人隊和小牛隊，在總決賽以4比2戰勝了網隊，贏得了球隊歷史上第二座NBA總冠軍獎盃。球隊的絕對核心“石佛”鄧肯包攬了常規賽和總決賽的MVP，羅賓遜則在本賽季結束後選擇功成身退。