孔令輝6歲開始打球，1986年進入省隊，1988年進國青隊，1991年入選國家隊。歷年來在國際乒聯公佈的世界男單排名前列，是世界盃、世錦賽和奧運會的大滿貫冠軍得主。

1991年全國錦標賽男團冠軍；

1993年七運會男雙第三名(與王永剛)；

1994年第2屆世界青年錦標賽男單、男團冠軍；中國公開賽男單、男雙冠軍；全國精英賽男單第三名；中國乒協杯男雙冠軍；南韓大獎賽男單冠軍；1994年第12屆亞錦賽男單、混雙(與鄧亞萍)、男團冠軍；第12屆亞運會混雙(與鄧亞萍)、男團冠軍；義大利公開賽男雙冠軍(與張雷)；瑞典公開賽男團亞軍；

1995年中國明星賽男單、混雙冠軍(與鄧亞萍)；第43屆世乒賽男團、男單冠軍、混雙亞軍(與鄧亞萍)；愛普生世界明星賽男單冠軍；中國大獎賽男單冠軍；世界盃男單冠軍；第3屆城運會男單冠軍，男雙第三名(與張鵬)；亞洲盃團體賽男團冠軍；

1996年中國乒協杯男雙(與劉國樑)、男單冠軍；第26屆奧運會男雙冠軍(與劉國樑)；首屆國際乒聯職業巡迴賽總決賽男單冠軍；亞錦賽男單、男雙冠軍；

1997年第44屆世乒賽，與王濤、劉國樑、丁松和馬文革合作，獲團體比賽冠軍；男雙冠軍(與劉國樑)、混雙亞軍(與鄧亞萍)、男單並列第三名；美國公開賽男單冠軍；中國大獎賽男雙冠軍(與劉國樑)；八運會男團亞軍；美國、馬來西亞公開賽男單冠軍；國際乒聯總決賽男單冠軍；

1998年愛立信中國乒乓球擂臺賽冠軍併成為男子總擂主；馬來西亞公開賽男單、男雙(與劉國樑) 亞軍；日本公開賽男單冠軍；全國俱樂部甲級聯賽男團第3名；澳洲公開賽男單、男雙(與劉國樑)冠軍；中國公開賽男雙第3名(與劉國樑)；全國錦標賽男單冠軍；第13屆亞運會男團、男雙(與劉國樑)冠軍、男單並列第3名；

1999年愛立信中國乒乓球擂臺賽決賽男子亞軍；第45屆世乒賽男雙冠軍；亞洲12強賽冠軍；

2000年第45屆世乒賽男團亞軍；世界男子俱樂部團體冠軍；日本公開賽男雙冠軍，男單第三；第26屆奧運會男單冠軍、男雙亞軍；

2001年第46屆世乒賽男團冠軍，男單、男雙亞軍。

2002年第14屆亞運會男團冠軍，男單、男雙第三；美國、德國、荷蘭公開賽男雙冠軍，國際乒聯總決賽男雙冠軍；

2003年第47屆世乒賽男雙亞軍(與王皓)，男單四強，南韓公開賽男單、男雙四強，中國公開賽男雙亞軍，馬來西亞公開賽男單四強、男雙冠軍；

2004年第47屆世乒賽男團冠軍，國際乒聯巡迴賽希臘公開賽男雙亞軍，南韓公開賽、中國公開賽(長春)男雙冠軍(與王皓)，總決賽男雙亞軍；

2005年卡達公開賽男雙冠軍，48屆世乒賽男雙冠軍(和王皓)。