司馬睿應該是正統的司馬家族後裔。所謂司馬睿是牛氏小吏所生的說法僅見於魏收的《魏書》。魏收的《魏書》是一部穢史，裡面本來就喜歡亂寫，而且誣衊司馬睿他還確實有其他的意圖。

《魏書》裡面設計的正統論，是拓跋氏直接繼承西晉為正統。對西晉的天子還承認，西晉之後的天子，無論南方的東晉還是北方的十六國，通通不承認。

因為從石勒時代開始，拓跋什翼犍已經建立了雄踞漠北的代國，拓跋氏算正統要從這裡算起，那就不能承認司馬睿建立的東晉，但是對西晉是承認的，卻不承認東晉，總要有理由吧？於是魏收就編了一個理由——東晉的創立者晉元帝司馬睿是牛姓小吏與夏侯太妃私通所生，應該叫做牛睿。

為了讓這個謠言更可信，魏收又給它編了前言後語，加上了迷信的成分，說漢魏時流行一本《玄石圖》，上面記載著“牛繼馬後”，司馬懿以為部將牛金要奪自己的天下，就毒死了牛金，不料日後還是應在牛姓小吏身上，牛睿奪走了司馬家的天下，還是牛繼馬後。

但這些通通只見於魏書。

另外就是五德終始中五行生剋的問題。拓跋氏建國在西晉滅亡後不久，一開始根據後趙的水德→前燕的木德→前秦的火德，一路按五行相生承接下來，自稱土德。但當魏孝文帝進行漢化改革後，以中國正朔自居，不願意承認後趙、前燕、前秦等異族政權為正統，主張直接繼承西晉的金德，自稱水德。

這同樣面臨一個東晉王朝不好處理的問題。首先北魏建國時東晉還在，無法去繼承東晉的德；其次，如果等東晉滅亡，劉裕篡位，那時候北魏以及稱帝好多年了，如果這時再去繼承東晉的德，那從建國到東晉滅亡這段時間內北魏豈不是五行無德？這肯定也不行。

所以最好的辦法莫過於指責東晉不合法，而要達到這個效果，捏造床帷之事是最容易的，所以魏收編造了“牛繼馬後”這個謠言，好讓東晉非法化，解決北魏的法統問題。

這個問題歷史上還是有爭議的。但我認為司馬睿是司馬家族的後裔，不是所謂牛氏後裔。

說到司馬睿出身之謎，這還得從他的先人司馬懿說起。

司馬懿活著的時候，那時他還是曹魏集團曹芳的託孤之臣。

有一天司馬懿偶然看到了曹魏時期一本很牛逼的書叫做《玄石圖》，上面記有：“牛繼馬後”這條讖語。熟知天文又謀慮深遠的司馬懿，對玄石圖中“牛繼馬後”的讖語，頗有疑忌。

司馬懿又請星象家管輅占卜子孫運勢，管輅占卜的結果與《玄石圖》不差毫釐。這更增加了司馬懿的疑慮。

既然司馬取代曹魏已有徵兆，那“牛繼馬後”豈非是牛氏要將來要取代司馬的預言？司馬懿對此深感不安。

在當時的將領之中，唯一姓牛的人就是大將牛金。牛金曾屢次隨司馬懿出征，多有戰功，雖然眼前還看不出任何徵兆，但未來會不會篡位卻很難說。

司馬懿怕牛金將來會對子孫不利，就派人請他赴宴，酒中下毒，牛金為人坦蕩，沒有提防之心，“飲之即斃”，就這樣稀裡糊塗地送了命。

司馬懿自此認為，牛金已死，子孫便可高枕無憂坐享福貴了，殊不知世事難以預料。

司馬懿的孫子司馬覲襲封琅琊王后，其妻夏侯氏被封為妃子。夏侯氏人很風流，沒多久就與王府也叫牛金的一個小吏勾搭成奸，後生下了司馬睿。司馬睿後來繼承了皇位，他就是東晉的開國皇帝晉元帝。

由此才有司馬睿並非司馬家族血脈之說。而是琅琊王府小吏牛金的兒子。後人遂戲謔地稱司馬睿為牛睿。就連明朝思想家李贄，也直稱東晉為“南朝晉牛氏”，而不稱司馬氏。唐朝的魏徵直言:“牛繼馬後”，即是指司馬睿為牛氏之子，牛姓代司馬氏繼承帝位。這就是歷史上對這個問題有爭論之處。

魏書·列傳第八十四·僭晉司馬睿傳》：

由於歷史上頗多爭議，此事也有歷史記載。但我認為是司馬睿出生之謎，後朝想否定東晉建立的合法性，而故意汙衊和歪曲事實。

首先這個讖語“牛繼馬後”就站不住腳。有得說是“劉繼馬後”（劉指的是劉淵，劉與牛諧音。）

司馬懿聽到讖語殺大將牛金這事就是虛構的。司馬懿到死時，他的兒子司馬昭並沒有篡魏。是司馬懿的孫子司馬炎建立的西晉。司馬懿怎麼能知道孫子能稱帝，難道司馬懿未卜先知，為孫子殺牛金，剷除隱患。這也太牽強附會了。所以我認為讖語之事是假的。當然後面的事也是杜撰的。