故事發生的地點是在每千年迴歸一次的彗星造訪過一個月之前，日本飛驒市的鄉下小鎮糸守町。在這裡女高中生三葉每天都過著憂鬱的生活，而她煩惱的不光有擔任鎮長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的城鎮，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對於大都市充滿了憧憬。

然而某一天，自己做了一個變成男孩子的夢。這裡有著陌生的房間、陌生的朋友。而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面在東京生活的男高中生立花瀧也做了個奇怪的夢，他在一個從未去過的深山小鎮中，變成了女高中生。兩人就這樣在夢中邂逅了彼此。

擴充套件資料：設定解說

糸守鎮

女主角宮水三葉的家鄉，位於日本岐阜縣飛驒市山林深處，人口不過一千五百人的小鎮。200年前此處遭隕石擊中形成糸守湖，大部分居民遇難。倖存的居民感到遭神背叛，於是改信紡織神，並且在神體的巖洞裡刻上彗星隕落的壁畫來警示後人。公元1803年，繭五郎之火曾將宮水神社的所有文獻資料燒燬。

宮水神社

糸守鎮宮水家代代相傳的神社，於446年建立。每年都要編制組紐，舉行豐穰祭。神社成員要身著巫女服，梳妝打扮表演雙人舞，並且製作口嚼酒到神體供奉，是為宮水家世代相傳的職責。

口嚼酒

將米細細咀嚼之後，保持混合唾液的狀態放置一段時間，透過發酵產生酒精——這是日本最為古老的釀酒方式，是獻給神明的貢品。據說以前很多地方都會這麼釀酒，但進入21世紀以後，很少有神社這麼做了。

“產靈”

宇宙是神的作品，神把這些維度聚在一起，成形，扭曲，纏繞，有時又斷裂，還原，這就是結，這就是時空。把時間的維度拆開，然後連線，這就是“結”，這就是“產靈”。

“黃昏之時”

黃昏就是傍晚，既不是黑夜與白晝的時間段。人們的輪廓變得模糊，讓人分不清對方是誰。此時容易看見某些超現實的事物——例如魔物或亡者。

迪亞馬特彗星