寄生性原蟲對人體的致病作用與蟲種、株系、寄生部位及宿主免疫狀態有密切關係。原蟲對宿主的損害主要由如下因素造

1. 增殖作用 侵入人體的原蟲經過增殖，數目增加到一定程度後，可導致兩種後果：蘋迪赴涸嫣寤⑿?單個或數量很少的蟲體不足以引起宿主區域性組織、器官的損傷乃至全身的病理變化。只有在其生活史的某一發育階段增殖到相當數量時，才能使宿主出現明顯的損害和相應的臨床症狀。如瘧原蟲在紅細胞內進行裂體增殖，當蟲體增殖達一定數量時造成紅細胞週期性破裂，並導致臨床症狀。有學者統計，寄生於小腸內的賈第蟲，當每平方釐米粘膜面積增殖的蟲體數目達100萬個蟲時，即可對粘膜起到遮蓋作用，從而明顯影響小腸的吸收功能並導致腹瀉；­播散作用：當蟲體增殖至相當數量時，即具備了向臨近或遠方組織、器官播散的潛能， 從而侵犯更多的組織和器官。如寄生於結腸的溶組織內阿米巴滋養體，可從結腸壁的潰瘍病灶侵入血管，隨血流到達肝、肺等器官而引起病變。再如被巨噬細胞吞噬的利什曼原蟲和弓形蟲，因有抗溶酶體作用，使得它們不僅能在細胞內生存，而且能被帶到全身各個組織器官，引起全身感染。

2. 機會性致病 有些原蟲在感染免疫功能正常的個體，宿主並不表現臨床症狀，暫時處於隱性感染狀態。但當機體抵抗力下降或免疫功能不全時，例如艾滋病患者、長期接受免疫抑制劑治療或晚期腫瘤病人，這些原蟲的繁殖能力和致病力增強起來，患者出現明顯的臨床症狀，甚至危及生命。此類原蟲即被稱為機會性致病原蟲（opportunistic protozoa） 。常見的機會性致病原蟲有卡氏肺孢子蟲、弓形蟲和隱孢子蟲。另有學者認為賈第蟲也屬此類原蟲。如卡氏肺孢子蟲是艾滋病人最常見的合併感染的原蟲，是導致晚期艾滋病人死亡的直接原因。 此外，艾滋病人在感染隱孢子蟲後，常可發生難以治癒的嚴重腹瀉而導致死亡， 合併弓形蟲感染也可發展成致命的弓形蟲腦炎。