影響基因頻率的因素
（1）遺傳漂變
如果在一個種群中，某一個基因的頻率為0.02，那麼在一個100萬個體的種群中，有這一基因的個體應為2萬個。但是假如這一種群只有50個個體，那就只有一個個體具有這一基因，這個個體如果由於偶然的機會而死亡或沒有機會和異性個體交配（因為個體太少了），那麼，下一代中這一基因在這一種群中便完全消失，基因頻率當然也就改變了。所以，在小的種群中，基因頻率可因偶然的機會，而不是由於選擇而發生變化，這種現象稱為遺傳漂變。
（2）建立者效應
假如一個種群中的幾個或幾十個個體遷移到另一地區而定居下來，它們與原來的種群隔離開了，它們自行繁殖後代。顯然，它們的基因頻率與原來大種群的基因頻率不一定相同，很可能有很多等位基因沒有帶出來。這一新的基因頻率是決定於分出來的幾個或幾十個建立者（定殖者）的基因頻率的。如果再加上新地區的不同因素對它們的選擇作用，就會促使這個種群朝著另外方向發展，就有可能出現新性狀，形成新品種或新種。
（3）瓶頸效應
許多生物在不同季節中，數量有很大的差異。春季繁殖，夏季數量增加到最多；到了冬季，由於寒冷、缺少食物等種種原因而大量死亡，第二年春季，又由殘存的少量個體繁殖增多。因此形成一個如瓶頸樣的模式，這一瓶頸部分即為冬季數量減少的時期。
由此可以看出，假如殘存的少數個體中，含有某一基因的個體多，下一世代繁殖後，這一基因的頻率也相應增多。假如殘存的少數個體中，含有某一基因的個體少，下一世代中該基因的頻率也相應減少，這與建立者效應是相似的情況。
（4）不隨機的交配
隨機交配是維持基因頻率不變的必要條件。但實際情況是，自然種群中個體間的雜交幾乎永遠不是隨機的。例如，雌性個體總要選擇一定的雄性個體。雄獅健壯美麗的身體即可與其他雄獅競爭，又可受到雌獅之垂青。
（5）突變和新基因的加入
這兩者都能影響基因頻率的穩定。在自然界，突變的速度一般都是很低的，不同的基因和各基因的不同等位基因的突變速度各有不同，據估計，人約有30000個基因（各含2個或多個等位基因）。每人出生，平均總帶有2個突變。由此可想而知，每一個基因的突變雖緩慢，但每一種群中每一世代的突變基因數卻是很高的。突變的方向是隨機的，突變只是給自然選擇提供原材料，如果突變性狀被選擇，這一突變基因就在基因庫積累增多，如不被選擇，就漸漸被排除。
新基因的加入，也可使基因頻率逐漸改變。一個種群的個體移入另一個能與之交配的種群中，這就帶進了新的基因。一個植物種群的花粉傳播到另一植物種群中，水生的體外受精動物的精子進入另一種群與其動物的卵子受精等，都可使種群獲得新的基因，使種群的基因頻率發生變化。同理，種群中一些個體的遷出也有可能引起基因頻率的改變。
（6）自然選擇的作用
自然選擇從表面上看，是對不同個體表現型的選擇，但實質上對某些基因的選擇。因此，自然選擇必然引起基因頻率的改變，基因型的頻率也會隨之改變。舉例說明如下：假設一對等位基因Aa的頻率為A＝0.9，a＝0.1，那麼各基因型的頻率就是：AA＝0.81，Aa＝0.18，aa＝0.01。如果環境對於基因頻率有選擇作用，而選擇作用的結果使A的頻率由0.9變為0.8，a的頻率由0.1變為0.2，那麼選擇後的第二代的基因型的頻率應為AA＝0.64，Aa＝0.32，aa＝0.04。如果選擇作用再繼續一代，A和a頻率總在不斷的變化之中。
在自然種群中，如果某個基因的頻率只有十萬分之一，但如果被選擇，只要經過23400個世代，該基因的頻率就會上升到99%，而其等位基因將為1%。又如，在金黃葡萄球菌種群中，本來就存在抗青黴素的基因，但頻率極低。如果該種群受到青黴素的選擇，無抗藥性的個體將全部被殺死，只有極少數有抗藥性的個體存活。因此，只要選擇一代，抗藥性基因頻率就大為增加，菌群對青黴素的抗藥性因而大增。
影響基因頻率的因素
（1）遺傳漂變
如果在一個種群中，某一個基因的頻率為0.02，那麼在一個100萬個體的種群中，有這一基因的個體應為2萬個。但是假如這一種群只有50個個體，那就只有一個個體具有這一基因，這個個體如果由於偶然的機會而死亡或沒有機會和異性個體交配（因為個體太少了），那麼，下一代中這一基因在這一種群中便完全消失，基因頻率當然也就改變了。所以，在小的種群中，基因頻率可因偶然的機會，而不是由於選擇而發生變化，這種現象稱為遺傳漂變。
（2）建立者效應
假如一個種群中的幾個或幾十個個體遷移到另一地區而定居下來，它們與原來的種群隔離開了，它們自行繁殖後代。顯然，它們的基因頻率與原來大種群的基因頻率不一定相同，很可能有很多等位基因沒有帶出來。這一新的基因頻率是決定於分出來的幾個或幾十個建立者（定殖者）的基因頻率的。如果再加上新地區的不同因素對它們的選擇作用，就會促使這個種群朝著另外方向發展，就有可能出現新性狀，形成新品種或新種。
（3）瓶頸效應
許多生物在不同季節中，數量有很大的差異。春季繁殖，夏季數量增加到最多；到了冬季，由於寒冷、缺少食物等種種原因而大量死亡，第二年春季，又由殘存的少量個體繁殖增多。因此形成一個如瓶頸樣的模式，這一瓶頸部分即為冬季數量減少的時期。
由此可以看出，假如殘存的少數個體中，含有某一基因的個體多，下一世代繁殖後，這一基因的頻率也相應增多。假如殘存的少數個體中，含有某一基因的個體少，下一世代中該基因的頻率也相應減少，這與建立者效應是相似的情況。
（4）不隨機的交配
隨機交配是維持基因頻率不變的必要條件。但實際情況是，自然種群中個體間的雜交幾乎永遠不是隨機的。例如，雌性個體總要選擇一定的雄性個體。雄獅健壯美麗的身體即可與其他雄獅競爭，又可受到雌獅之垂青。
（5）突變和新基因的加入
這兩者都能影響基因頻率的穩定。在自然界，突變的速度一般都是很低的，不同的基因和各基因的不同等位基因的突變速度各有不同，據估計，人約有30000個基因（各含2個或多個等位基因）。每人出生，平均總帶有2個突變。由此可想而知，每一個基因的突變雖緩慢，但每一種群中每一世代的突變基因數卻是很高的。突變的方向是隨機的，突變只是給自然選擇提供原材料，如果突變性狀被選擇，這一突變基因就在基因庫積累增多，如不被選擇，就漸漸被排除。
新基因的加入，也可使基因頻率逐漸改變。一個種群的個體移入另一個能與之交配的種群中，這就帶進了新的基因。一個植物種群的花粉傳播到另一植物種群中，水生的體外受精動物的精子進入另一種群與其動物的卵子受精等，都可使種群獲得新的基因，使種群的基因頻率發生變化。同理，種群中一些個體的遷出也有可能引起基因頻率的改變。
（6）自然選擇的作用
自然選擇從表面上看，是對不同個體表現型的選擇，但實質上對某些基因的選擇。因此，自然選擇必然引起基因頻率的改變，基因型的頻率也會隨之改變。舉例說明如下：假設一對等位基因Aa的頻率為A＝0.9，a＝0.1，那麼各基因型的頻率就是：AA＝0.81，Aa＝0.18，aa＝0.01。如果環境對於基因頻率有選擇作用，而選擇作用的結果使A的頻率由0.9變為0.8，a的頻率由0.1變為0.2，那麼選擇後的第二代的基因型的頻率應為AA＝0.64，Aa＝0.32，aa＝0.04。如果選擇作用再繼續一代，A和a頻率總在不斷的變化之中。
在自然種群中，如果某個基因的頻率只有十萬分之一，但如果被選擇，只要經過23400個世代，該基因的頻率就會上升到99%，而其等位基因將為1%。又如，在金黃葡萄球菌種群中，本來就存在抗青黴素的基因，但頻率極低。如果該種群受到青黴素的選擇，無抗藥性的個體將全部被殺死，只有極少數有抗藥性的個體存活。因此，只要選擇一代，抗藥性基因頻率就大為增加，菌群對青黴素的抗藥性因而大增。