曾國藩有根深蒂固的忠君愛國思想；其次，曾國藩並沒有十足的把握能夠對清王朝取而代之；最後，當時的形勢曾國藩也不具備稱帝的條件。所以晚清時代，看似能夠翻雲覆雨的曾國藩，也未能成事。

作為晚清重臣的曾國藩，深受儒家思想的薰陶，太平天國橫掃湖南瀟湘的時候，曾國藩起兵的目的就是維護封建地主階級的利益，維護清王朝的統治，他的目標是做個“中興之臣”，光宗耀祖。所以，他的弟弟、幕僚屢屢進言，他都嚴詞拒絕了。當時的曾國藩，手握重兵雄踞東南，歷史上有這樣的說法，曾國荃曾對曾國藩說:大哥你是兩江總督，再加上閩浙總督左宗棠，四川總督駱秉章，再加上直隸總督李鴻章與其他五大巡撫，全都是湘軍嫡系。加上李秀成的投降軍隊，一共三十萬精銳，何不稱帝自立？

而曾國藩很中肯的回答:共患難的是朋友，可同富貴卻可能是敵人，左宗棠是個師爺的時候就不肯屈居人下，如今與我平起平坐又怎麼肯對我俯首？李秀成不過是喪門之犬不值一哂，而李鴻章雖然是我的門生，但關鍵時候卻不一定與我同一條心。

曾國藩閱人無數，身邊雖然人才濟濟，不過到底能不能夠助他成事，他心中明鏡似的。另外，當時除了南方的曾國藩，還有北方的科爾沁親王僧格林沁，手握重兵駐守在河南腹地，號稱三十萬的湘軍，真正能隨意調動的只有十萬，縱然曾國藩“黃袍加身”，也無法保證“燭影斧聲”的事不再發生——曾國藩的弟弟曾國荃為人狠辣並且野心勃勃，性情倔強而陰沉，說不定來個“螳螂捕蟬黃雀在後”。

當時的湘軍內部矛盾重重，況且清朝一直對湘軍有所戒備，而西方列強都決意扶持清政府作為他們的利益代表，又怎麼會坐視清朝內部出現叛變呢？

從同治元年（1862年）5月到同治三年（1864年）6月，曾國荃率湘軍吉字營三萬餘人馬圍困天京（金陵）已整整兩年了。由於太平軍將士精血守城，拼死抵抗，加上軍中瘟疫流行，湘軍損失了近兩萬人，天京仍然未被攻破。清廷焦急萬分，連下6道詔書，催促曾國藩必須儘快拿下天京。曾國藩雖然擔心九弟孤軍深入，圍城日久，難以為繼，但在清廷施與的巨大的壓力下還是硬下心腸命他不惜一切代價，加緊猛攻天京城。此時的天京城內，糧草罄盡，外無救兵，軍民竟靠吃觀音土、樹皮草根果腹，個個面無人色，只是靠最後一絲意志力在強撐。驕奢淫逸的天王洪秀全於6月病死，城中人心更加惶惶不安。7月19日，吉字營悍將李臣典用炸藥轟塌城牆一角，湘軍吶喊著如潮水般衝殺入城。

太平軍雖然浴血抵抗，與湘軍展開激烈巷戰，但數千飢疲羸弱之眾抵禦數萬早已殺紅眼的亡命徒，畢竟實力相差懸殊。除李秀成率數百將士化裝掩護幼天王洪天貴福乘亂衝出城去，大部戰死或自焚。至此，太平天國建都長達11年的天京，終淪陷於曾氏兄弟之手。

史載，湘軍攻陷天京後，隨即在城中展開報復性的大屠殺，先後共有十餘萬人被殺，秦淮河中屍首如麻，流水盡赤。曾國荃縱容湘軍士卒燒殺姦淫，還大肆搶掠，將民間以及太平天國府庫中所藏財物洗劫一空。參與攻城的吉字營官兵大發橫財，很多人一夜間變成身家豪闊的大土豪。之後，國荃命士兵縱火焚城掩飾其罪，大火連燒7天7夜。繁華富庶的六朝古都南京遭此浩劫，30多年都無法恢復過來。

太平天國後期的傑出將領李秀成雖僥倖突圍，但出城後被亂兵衝散，藏匿時又遭人出賣被俘 ，在審訊的過程中，他似乎有變節投靠曾氏的意圖。出於害怕李秀成會透露出天京陷落後湘軍大肆燒殺搶掠的真相，在他剛寫完供狀的當天下午，曾國藩就迫不及待地將之處死。

太平天國被鎮壓後，曾氏兄弟如日中天，均達於其各自人生之巔峰。哥哥國藩被封為一等毅勇侯，並可世襲罔替；弟弟國荃被封為一等男爵，其餘立功將士均各有重賞。

彼時， 曾國藩兄弟手握30萬湘軍 、淮軍， 左宗棠的十幾萬楚軍也唯他倆馬首是瞻，不客氣的說，清王朝的東南半壁江山已落在曾氏兄弟的股掌中。“位列三公，權傾朝野 ”的曾國藩此時大軍在握，清廷正規軍——綠營因迭遭太平軍打擊，除僧格林沁的數萬蒙古馬隊實力尚存外，其餘的早就不堪一戰了。假若曾國藩大手一揮，數十萬湘淮軍和左氏的楚軍立馬就會聚集在他的麾下聽他指揮，大家鼓起餘勇提槍上馬，殺去帝都，奪了鳥位，也不是不可能之事。那麼，歷史將會被他改寫，後來愈發衰朽沒落的國運或許也會是另一番不同氣象呢。

據說，湘軍打下金陵後，暗示曾國藩乘機舉兵稱帝的大有人在 。胡林翼、左宗棠、李鴻章、曾國荃、彭玉麟、趙烈文等人都曾攛掇他先稱帝金陵，再出兵恢復漢家江山，均被他用沉默不語堅拒。就連他一貫看重的、以老成穩靠著稱的水軍將領彭玉麟都數次勸他取代腐朽的滿清，左宗棠更是露骨地暗示他：“鼎之輕重，似可問焉”？摯友胡林翼也勸道：“東南半壁無主，滌丈豈無意乎”？曾國荃、李鴻章更早有此心，均作昂奮躍躍欲試狀。曾國藩卻始終不為所動，為表明心跡， 他揮毫寫下 “倚天照海花無數，流水高山心自知”兩句對聯，眾人看後知其心意已決，也知其不可勸，遂作罷。

太平天國失敗後，清統治集團內部的矛盾卻空前尖銳起來。曾國藩雖然位極人臣，但並未被勝利衝昏頭腦，他敏銳地感覺到 ，清軍綠營雖然腐敗不能戰，但僧格林沁等滿蒙親貴極度仇視、嫉妒立下大功的湘軍，並一直集結重兵環伺周邊、虎視眈眈，想一舉剷除尾大不掉的湘淮軍。況且，清廷雖然極度衰落，但百足之蟲，死而不僵， 其背後還有東西方列強力撐，列強的態度雖遊移不定，但若其全力押寶那拉氏，則湘淮軍毫無勝算。何況李鴻章、左宗棠甚至胡林翼、曾國荃等人都是自恃才高、各懷目的之人，到時候會不會出死力襄助自己還要打個重重的問號，甚至各懷私心、另有目的也不一定 。另外，湘軍打下天京後，很多官兵都發了大財，都急著回鄉買田、起屋、討小，戰鬥力每況愈下，早已不復往日之勇，軍紀更是日漸廢弛，靠這支日漸腐敗的隊伍是無法摧垮滿清、全取天下的。

清廷對曾國藩兄弟擅殺李秀成和私分太平天國聖庫中的鉅額財富是萬分不滿的。但礙於太平軍餘部李侍賢、汪海洋尚擁眾十餘萬，北方的捻軍更是活動猖獗，曾氏兄弟手握重兵，還用得著他們； 二來曾國藩攻滅倡亂13年的太平天國起義，扶大廈之將傾，挽狂瀾於既倒， 也算居功至偉，必須要極力厚待、籠絡，以示榮寵。論功行賞，曾國藩賞加太子太保銜，敕封一等侯爵，後代可承襲，賞戴雙眼花翎；曾國荃加太子太保銜，封一等侯爵。其他130位立功的湘軍將領們均加官進爵，各有厚賞。這些人後來都成了湖湘一帶有名的豪紳，引領了一時風氣。對於這一切，身為理學名臣的曾國藩是很感激 ，哪裡還會起反心？

但曾氏兄弟掌握了那麼多能征慣戰的軍隊， 清廷雖沒有立即卸磨殺驢，但內心很是忌憚。深知其中厲害的曾國藩並未被眼前的大勝衝昏頭腦。他深知功高震主的厲害，於是果斷鐵腕裁軍去猜忌，主動減少自己的利權、並辭去欽差大臣和兩江總督的高位。清廷正擔心他尾大不掉、難於羈縻呢，見他如此，終於可以睡個安穩覺了。這之後，曾國藩榮升為直隸總督，權勢與聲望達到頂峰，被譽為“千古完人” ，與此同時，也是他權勢跌落的起點。遣散湘軍，實力減去大半；剿捻失敗，名譽受損；辦理天津教案，更是留有取巧媚外、自取其辱的敗筆。事後，“內慚清議，外疚神明”的他不得不黯然調任兩江總督。但他意識到中國長期積貧積弱、落後捱打的癥結，積極發起洋務運動，大力興辦近代民族工業，取得了很大的成就，成為晚清“四大中興名臣” 之領軍人物。

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