首先從控制的地區來看：東晉和南宋兩個政權幾乎控制了整個南方，而南明只是控制了江南地區。其次，西晉和北宋均被少數民族消滅，而明朝亡於農民起義。最後從政權結構來看，東晉和南宋得到了士大夫以及各階層的擁戴，內部統一安定，有名副其實的皇帝。而南明政權，皇帝只是傀儡，政權內部混亂，缺乏有效的管理，政權極其不穩固。這就為它的迅速滅亡，埋下了隱患

這裡面有一個問題叫做道統問題。而這個問題一直困擾著南明政權，直接永曆皇帝被吳三桂勒死在昆明十字坡。

晉朝永嘉之亂導致五胡亂華，迫使衣冠南渡。當時的情況是胡人望長江而興嘆，馬背上的民族不識水性，加之北方紛亂，無暇南顧，所以東晉只要能守住淮河、長江一線，就能在南方有一個相對安全的政權，儘管司馬睿只是琅琊王，但在沒有皇帝的情況下被士族們推舉出來做皇帝，也算是名正言順。一來士族齊心，二來符合道統，在這種情況下，東晉政權得以存在。

再看南宋，南宋的情況是靖康之亂中不僅徽、欽二帝被俘，除了康王趙構以外的皇室成員無一倖免。因此，作為宋朝皇室唯一自由之身的趙構，自然就成了繼承宋朝皇位的不二人選，這一點可以說是毫無爭議的。儘管趙構被金兵追得一路南逃，甚至被趕到海上，但是心向宋朝的文武大臣還是要聚集在他的麾下來保衛南宋的半壁江山。

南明的情況就不同了。首先，明朝在南京是有一套政府班底的。除了沒有皇帝和內閣，其餘一應俱全。但問題出就出在這套班底上面。崇禎皇帝如果自己到南京來，或許這套班底還能聽命於崇禎皇帝發揮作用，可惜崇禎皇帝被大臣給涮了，最後只得天子死社稷，自縊殉國，而太子有下落不明。

明朝官員自萬曆以來就黨爭不斷，閹黨與東林黨爭得你死我活。當時的南京兵部尚書史可法是東林黨人，他們主張擁立潞王為皇帝，而閹黨的馬士英等人，卻在江北六鎮的軍隊互送下，把福王朱由崧推上了皇位。於是，在南明朝廷裡，依然是黨爭不斷。眼見山河破碎沒人管，卻只是算計著朝廷裡雞零狗碎的小事。

以至江北六鎮也擁兵以求換得更高的籌碼，誰也沒有真正要為南明朝廷出力。只有一個史可法在揚州殊死抵抗，最終遭遇屠城血洗。這還不算，一個南明政權裡竟然出了五個皇帝，福王之後魯王監國，魯王之後唐王稱帝，唐王之後其弟又在廣州稱帝，而在廣西的山溝裡還有桂王朱由榔建立的永曆政權。可惜這些政權在道統上一個也站不住，永曆帝給國姓爺鄭成功下聖旨，鄭成功的答覆是尊聖不尊令。

最終，永曆在雲貴的山溝裡用當年反明的農民起義軍與清軍對抗了十幾年，走投無路之後逃到緬甸，被緬王送給了吳三桂。