這個原因我覺得很複雜，我來說幾個我覺得有可能的原因吧。

一、臥底撐起了半邊天

雖然黑衣組織的臥底很多，但是我們發現一件有趣的事情，那就是臥底彼此不知道對方是臥底，在動漫中的臥底就有好幾撥勢力，大家不知道對方的底細，於是在最後攤牌之前，大家還是要老老實實的幫助組織做事，結果就是這麼多的“二五仔”反而形成了一種微妙的平衡，這些臥底反而是組織的強大的成員……

二、琴酒的實力

雖然大部分組織成員都靠不住但是有一個人是非常穩的，那就是黑衣組織中的琴酒，這個角色如同定海神針一般，不管是多麼麻煩的情況他一出手都能很快解決，這個組織能夠苦苦支撐到現在琴酒功不可沒，琴酒在黑衣組織完全是以一當十的存在。

三、富有的boss

黑衣組織的boss烏丸蓮耶是半個世紀前的大富翁，boss非常富有，就算手下的一些失誤造成了一些損失，也是可以彌補的了，並且如此富有也可以支援組織的發展，可以給組織招兵買馬。

四、作者設定需要

為什麼黑衣組織能夠存活到現在呢？當然是因為要是這個組織沒了，《名偵探柯南》還怎麼演下去啊，黑衣組織這個組織臥底太多這點本來就不怎麼合理，而青山就是想要無視劇情的bug讓故事儘可能的懸疑一點，那麼黑衣組織就算如此也被設定的很強大當然能存在了。