2020年1月10日，第一例武漢新型冠狀病毒（2019-nCoV）基因組測序完成，之後相繼有5個樣本的病毒基因組序列公佈。為了探究病毒與已知冠狀病毒的異同，推測其進化途徑，研究比較了新型冠狀病毒與兩種已知會在人群中傳播的冠狀病毒——SARS和MERS（中東呼吸綜合徵）。

這項最新研究顯示，目前已知的6個新型冠狀病毒基因組序列幾乎完全一致，並且從基因序列同源性上來說，新型冠狀病毒更接近SARS- CoV，而不是MERS- CoV。新型冠狀病毒目前可以歸到Beta型冠狀病毒屬中，該種屬在演化樹上來說，與SARS-CoV和MERS-CoV接近，但不完全一樣。

新型冠狀病毒、SARS-CoV的病毒外類群都為蝙蝠中的冠狀病毒HKU9-1，而許多與冠狀病毒有聯絡的人類感染冠狀病毒都和蝙蝠有關，許多冠狀病毒的天然宿主都是蝙蝠，該研究指出蝙蝠很有可能就是武漢新型冠狀病毒的原生宿主，經過演化變異，完成了蝙蝠-人的傳播。

新型冠狀病毒起源還沒有確定是何動物，有的人說是蝙蝠，有的人說是蛇，可能和野生動物有關，暫時也只是不過是猜測。