科學家認為腸道微生物檢測能夠提供的資訊量非常有限。

人體由數以十萬億計的細胞組成，人體內微生物的數量是細胞的10倍，也就是數以百萬億，這些微生物對人體的健康起著重要的作用。

現在的科學研究表明，腸道菌群的改變是多種疾病的誘因，鑑於腸道微生物對人體的重要影響，開始有一些公司推出微生物檢測服務。使用者付費後會收到公司寄過來的試劑盒，將排洩物拭子放在試管中寄回，公司實驗室會對上面的微生物種類和數量進行檢測分析，之後給使用者出具一份報告，公司還可以根據腸道微生物的組成為使用者提供一些飲食建議，而且進行疾病風險預測。

美國的一家新創業公司——Thryve公司，從2017年2月開始為使用者提供每月一次的微生物組學檢測服務，每次收費59.95美元。公司CEO理查德·林（Richard Lin）介紹說，Thryve公司使用機器學習來為使用者定製報告，這份報告不僅包含腸道微生物的組成，還會為使用者提供飲食建議，例如應當吃哪些富含纖維素的食物或者喝哪些益生菌飲品來提高腸道的“優質”微生物含量。使用者透過網上平臺註冊後可以和機器人聊天，機器人會詢問他們今天吃了什麼，有沒有鍛鍊，或者有沒有吃膳食補充劑等問題，並做出指導。

聽起來很美好，但是，有科學家對這些檢測的結果表示懷疑。近年來，科學家不斷髮現腸道微生物的新功能，腸道微生物生態系統的改變被認為和多種疾病密切相關，例如胃腸道疾病、糖尿病、肥胖、帕金森氏綜合症等。

基於微生物的診斷在未來有著重要的意義，但是很多微生物學家認為目前的知識庫還不足以根據消費者的腸道菌群進行疾病診斷。

為了研究飲食、健康和體內菌群的關係，幾年前，美國發起過一個美國腸道計劃（American Gut Project），他們在網上廣泛地招募志願者，只需要繳納99美元，志願者就可以收到一個試劑盒，將面部、口腔和排洩物中收集到的微生物隨試劑盒寄回後，就會收到一份關於體內微生物的報告。和上述公司不同的是，這份報告只給出分析結果並不做任何健康諮詢或者疾病風險預測。美國腸道計劃的共同發起人，美國加利福尼亞大學教授、首席微生物科學家鮑勃·奈特（Bob Knight）認為，這些企業提供的結果超出了科學範圍。

2016年11月，美國聖迭戈的uBiome公司推出了一項服務SmartGut，這項服務專一性地檢測能引起普通的腸道不適症狀的微生物，這些症狀包括便秘、腹脹、腹瀉和脹氣等。目前，這項服務只能透過醫生的處方購買，健康保險公司可以報銷全部或者部分費用。uBiome公司CEO傑西卡·裡奇曼（Jessica Richman）說，這項檢測首先會比較患者和健康人的腸道微生物菌群，透過公司的資料庫分析和科學家的同行評論來確定罹患糖尿病、肥胖和腎結石的風險。

“我們認為現階段有足夠的資料支援對這些疾病的風險評估，目前，我們不對任何疾病做診斷，我們只是找出風險因素供醫生和患者參考。”裡奇曼說。

奈特認為，現階段這類商業檢測所得到的結果只能說明被檢測者的腸道微生物和其他人的不同。因為關於腸道微生物和健康的關係我們還知之甚少。

美國芝加哥大學微生物中心主任傑克·吉爾伯特（Jack Gilbert）說，很多的研究只是在小範圍的患者中進行，實驗結果也只能表明各因素間的相關關係，並不能絕對地說明什麼。例如，腸道微生物多樣性的減少被認為和疾病相關，而非一定會致病。吉爾伯特指出，未來有可能找出微生物是如何和疾病相關的，並做出合理的飲食干預，但是這需要更多的資料，以及幾個月甚至幾年的跟蹤調查。

比較理想的研究方法是消費者進行微生物檢測的時候身體健康，在試驗過程中，消費者生病了，這樣研究人員可以確定是否能夠根據腸道微生物的改變預測這個疾病的發生，但是這是一個耗時的工作。如果公司要將這項業務做好，每個消費者需要支付的價格高達5000～6000美元。

至於飲食干預，奈特認為，以現代人的飲食方式，大多數人並不需要透過微生物檢測來告訴他們需要吃得更加健康。但是，這並不說明人們不應當檢測腸道微生物，人們應當檢測，如果他們對自己體內的微生物組成很好奇的話。