化學藥劑法
溴甲烷 效果好，穿透能力強。但由於溴甲烷破壞臭氧層，已經禁用。
氯化苦 作為溴甲烷的替代產品，在大姜、大蔥等土壤病害嚴重的作物上應用廣泛，特別是大姜、大蔥主栽區。氯化苦防治根結線蟲、黃萎病菌、枯萎病菌、青枯病菌、疫黴菌等具有較好的效果，並且可以連續使用，不會產生抗藥性。
石灰氮 又名氰胺化鈣，石灰氮分解過程中的中間產物氰胺和雙氰胺都具有消毒、滅蟲、防病的作用，尤其是蔬菜的青枯病、立枯病、根腫病、枯萎病等病害和根結線蟲；此外，石灰氮是一種鹼性肥料，可以為植物提供部分的氮元素和鈣元素，並且石灰氮是一種不溶於水的肥料，其中的氮素需要多次水解才能被植物吸收，因此，它是一種緩釋肥料，其氮肥肥效可持續長達3至4個月。石灰氮的施用方法也較為簡單，現在石灰氮一般都是顆粒劑，可以在翻地前撒施，或者和農家肥一起施用，然後旋耕，進行覆膜燻蒸消毒。在7-8月份，10-15天即可以完成消毒。
物理消毒法
高溫悶棚消毒 溫室大棚消毒最為常見的方法。一般利用6-7月份高溫休棚的季節進行，大棚適當灌水後，在地表覆蓋地膜，然後密封溫室，利用高溫進行土壤消毒。通常在處理的30釐米土層內，土溫能達到35-50℃ 。該方法操作簡單、經濟實用、對環境友好，但是受天氣影響較大，效果不穩定。一般生產上，通常會用一些化學藥劑配合進行消毒。
熱水消毒法 該方法較為適用小範圍的土壤處理，或者零星發生的病害。熱水消毒法通常以70-95℃ 熱水澆在病害周圍的土壤，透過高溫殺死一些土壤病害，像根腐病等。該方法操作簡單、經濟實用、適用於小範圍土壤處理。
生物燻蒸法
生物燻蒸法是透過植物殘體釋放含硫化合物殺死土壤害蟲、病菌。常見的就是十字花科或菊科植物殘體產生的葡糖異硫氰酸酯，這種方法國外應用較多，適合病蟲害發生較輕的地區。操作方法就是將土壤深耕，將十字花科或菊科植物殘體切碎，與農家肥或者海產品按比例混合均勻撒在地表，之後灌水覆蓋透明塑膠膜。
最後，不論選用哪種方法進行消毒，完成消毒後，都建議大家施用一些微生物肥，給土壤增加一些有益微生物。通常土壤經消毒後，所有生物都被殺死，新增有益微生物，可延長對病原生物的控制時間。
化學藥劑法
溴甲烷 效果好，穿透能力強。但由於溴甲烷破壞臭氧層，已經禁用。
氯化苦 作為溴甲烷的替代產品，在大姜、大蔥等土壤病害嚴重的作物上應用廣泛，特別是大姜、大蔥主栽區。氯化苦防治根結線蟲、黃萎病菌、枯萎病菌、青枯病菌、疫黴菌等具有較好的效果，並且可以連續使用，不會產生抗藥性。
石灰氮 又名氰胺化鈣，石灰氮分解過程中的中間產物氰胺和雙氰胺都具有消毒、滅蟲、防病的作用，尤其是蔬菜的青枯病、立枯病、根腫病、枯萎病等病害和根結線蟲；此外，石灰氮是一種鹼性肥料，可以為植物提供部分的氮元素和鈣元素，並且石灰氮是一種不溶於水的肥料，其中的氮素需要多次水解才能被植物吸收，因此，它是一種緩釋肥料，其氮肥肥效可持續長達3至4個月。石灰氮的施用方法也較為簡單，現在石灰氮一般都是顆粒劑，可以在翻地前撒施，或者和農家肥一起施用，然後旋耕，進行覆膜燻蒸消毒。在7-8月份，10-15天即可以完成消毒。
物理消毒法
高溫悶棚消毒 溫室大棚消毒最為常見的方法。一般利用6-7月份高溫休棚的季節進行，大棚適當灌水後，在地表覆蓋地膜，然後密封溫室，利用高溫進行土壤消毒。通常在處理的30釐米土層內，土溫能達到35-50℃ 。該方法操作簡單、經濟實用、對環境友好，但是受天氣影響較大，效果不穩定。一般生產上，通常會用一些化學藥劑配合進行消毒。
熱水消毒法 該方法較為適用小範圍的土壤處理，或者零星發生的病害。熱水消毒法通常以70-95℃ 熱水澆在病害周圍的土壤，透過高溫殺死一些土壤病害，像根腐病等。該方法操作簡單、經濟實用、適用於小範圍土壤處理。
生物燻蒸法
生物燻蒸法是透過植物殘體釋放含硫化合物殺死土壤害蟲、病菌。常見的就是十字花科或菊科植物殘體產生的葡糖異硫氰酸酯，這種方法國外應用較多，適合病蟲害發生較輕的地區。操作方法就是將土壤深耕，將十字花科或菊科植物殘體切碎，與農家肥或者海產品按比例混合均勻撒在地表，之後灌水覆蓋透明塑膠膜。
最後，不論選用哪種方法進行消毒，完成消毒後，都建議大家施用一些微生物肥，給土壤增加一些有益微生物。通常土壤經消毒後，所有生物都被殺死，新增有益微生物，可延長對病原生物的控制時間。