屬於一種聯盟關係吧。蒙古退出中原後，勢力大不如前，前前後後與明也有不少戰爭。清早期還是依附明的，政治的需要把兩個部落聯絡到一塊了，相互嫁娶。直到清入主中原，依然與蒙古保持較好的關係。

跟教科書傳達的印象不同，滿族早期政權不僅僅是一個針對明朝的政權，盛清時期眼光更為遠大（一直監控著西藏、準噶爾、莫臥兒帝國）。雖然滿清後期在與西方列強對峙期間表現不堪，但清政府阻擋了伊斯蘭勢力的東進這一點（不僅僅是左宗棠個人的力量）稱得上是一個偉大的功績，而這一點與蒙古關係也不可分。

皇太極在入關以前的1636年在盛京稱帝，並立國號“大清”。在皇太極的眼中，明朝與儒教法統並不鮮明，他看中的是蒙古帝國與藏傳佛教的正統。據孔令偉先生的研究，皇太極在1634年擊敗成吉思汗的傳人察哈爾林丹汗，並從其處獲得傳說為大元帝師八思巴所造的大黑天金佛像後，隨即於兩年內稱帝。順治帝在1644年入主中原後，立即邀請五世達賴喇嘛前來北京，雙方1652年在北京郊外會晤，模仿元朝忽必烈與八思巴的模式，結成“施主”與“福田”關係。由此而言，順治皇帝可說是充分繼承了皇太極時期的內亞政策。

1717年，蒙古準噶爾部的噶爾丹奇襲西藏。隨後佔據南疆。雍正讓年羹堯與嶽鍾琪充分利用位於拉達克的情報站，根據情報制定準確方案打垮了噶爾丹。

清政府非常清楚，大小和卓出身蘇菲派世家，被視為伊斯蘭教聖裔。清朝皇帝向來以佛教保護者自居，清朝方面巧妙地利用了佛教徒與穆斯林之間的文化差異，清除掉大小和卓。乾隆帝對於大小和卓的遺體處理亦採取了嚴密的對策，甚至在獲得小和卓霍集佔首級後，令喇嘛僧依照藏傳佛教儀軌制成法器嘎巴拉碗，收藏於大內之中。

孔令偉先生善於利用清代皇宮遺留下來且被忽視很久的多種語言文獻，解讀出清朝政府掌握大量中亞、南亞、中東、俄羅斯的情報，從而採取了明智的舉動，穩定了西藏與新疆的局勢。