傳統的發酵工程是以非純種微生物進行的自然發酵，或以純種微生物進行的工業化發酵都稱為傳統的發酵工程。如啤酒是用大麥芽和酒花（蛇麻草的雌花）經啤酒酵母（一種單細胞真菌）發酵而成。酒類飲料生產中常以穀物或水果（葡萄、荔枝等）為原料經不同的微生物（酵母菌、麴黴等）發酵，加工製成不同的酒。兒童們喜歡吃的酸奶也是在鮮奶里加入了乳酸菌經發酵而成。醋和醬等也是中國傳統的調味品。醋是利用米、麥、高粱等澱粉類原料或直接用酒精接入醋酸桿菌發酵加工而成。醬是利用麥、麩皮、大豆等原料經多種微生物（麴菌、酵母菌和細菌）的協同作用形成的色、香、味俱全的調味品。醬油必須進行蒸煮、消毒後才能食用。

什麼是生物技術中的發酵工程？

發酵是指利用微生物製造工業原料或工業產品的過程。根據各種微生物的特性，在有氧或無氧條件下利用生物催化(酶)的作用，將多種低值原料轉化成不同的產品的過程。如釀酒、制醬和醋等發酵技術古已有之。20世紀40年代中期美國抗菌素工業興起，大規模生產青黴素以及日本穀氨酸鹽(味精)發酵成功，大大推動了發酵工程的發展。70年代以石油為原料生產單細胞蛋白，使發酵工程從單一依靠碳水化合物(澱粉)向非碳水化合物過渡，從單純依靠農產品發展到利用礦產資源，如天然氣、烷烴等原料的開發。80年代初基因工程發展，人們能按需要設計和培育各種工程菌，在大大提高發酵工程的產品質量的同時，節約能源，降低成本，使發酵技術實現新的革命。

發酵工程主要包括菌種的培養和選育，發酵條件的最佳化，發酵反應器的設計和自動控制，產品的分離純化和精製等。