主要有四點區別：

1 儲集機理不同

常規天然氣是以遊離狀態儲集在儲層的孔隙空間當中，在氣源充足的情況下，其據計量主要與孔隙空間的大小有關。煤層氣則以吸附狀態賦存在孔隙的表面之上，其據計量與煤層的吸附性密切相關。

2 成藏過程不同

常規天然氣由源巖生成後，經過一定距離的一次運移和二次運移在儲層中聚整合藏，運移方向受流體動力場控制，即天然氣主要是在浮力和流體壓力的驅使下進行運移；煤層氣由煤源巖生成之後直接被煤儲層吸附而聚集，這種聚集不受流體動力場的控制而受溫壓場的控制。

3 氣藏邊界不同

常規天然氣有明顯的氣藏邊界，並且氣藏邊界內外天然氣含氣是具有“有”和“無”質的變化；而煤層氣藏與常規天然氣藏最大的區別之一就是氣藏邊界不確定，只要有煤就有煤層氣的存在，在某些地質條件下，煤層氣相對富集形成煤層氣藏。因此，煤層氣藏內外是含氣丰度的差別，而不是有氣和無氣的差別。

4 流體狀態不同

常規天然氣藏和煤層氣藏都有氣、水兩相存在，但二者所處的狀態不同：常規天然氣藏一般以氣相為主，即儲集空間被遊離的氣相所佔據，存在少量束縛水，水主要以邊水和底水的形式存在於氣藏的邊部和底部，具有統一的氣-水介面；而煤儲層中大的孔隙空間主要是被水所佔據，水中含有一定量的溶解氣，部分孔隙中存在遊離氣相，氣藏中的大部分氣體以吸附相存在，佔80%以上，即煤層氣藏中有吸附氣、遊離氣和溶解氣三種存在形式。