一、作用不同

1、工程跟蹤審計

全面促進和提高建設單位管理水平；促進監理各盡職守，完成本職工作；透過跟蹤審計，促進招投標市場規範。

2、監理

根據法律法規、工程建設標準、勘察設計檔案及合同，在施工階段對建設工程質量、造價、進度進行控制，對合同、資訊進行管理，對工程建設相關方的關係進行協調，並履行建設工程安全生產管理法定職責的服務活動。

二、工作性質不同

1、工程跟蹤審計

一方面，傳統審計模式是在工程竣工後集中進行一次結算審計，這時要面對如在施工階段各個施工程式中發生的大量簽證。

而跟蹤審計可以分時段分內容地進行動態審計，使稽核思路更清晰，可緩解短時間內處理大量資料的壓力。另一方面，跟蹤審計可以分析前後階段互相影響的關聯因素，可以動態地監督全壽命過程各階段的運作。

2、監理

工程監理單位是建築市場的主體之一，建設工程監理是一種高智慧的有償技術服務。在國際上把這類服務歸為工程諮詢（工程顧問）服務。中國的建設工程監理屬於國際上業主方專案管理的範疇。

三、工作原則不同

1、工程跟蹤審計

在工程專案跟蹤審計的理論研究中，研究的物件也有差異，有的研究工程專案全過程跟蹤審計，有的則僅限於施工階段跟蹤審計。

2、監理

1）監理工作以委託監理合同為依據，實施監理前必須簽訂書面合同。

2）工程建設監理實行總監負責制。

3）應“公正，獨立，自主”的開展工作，維護建設方與不損害承包方的合法權益。