孝莊文皇后，姓博爾濟吉特，名本布泰，生於明萬曆四十一年（1613年），是蒙古科爾沁部貝勒寨桑的二女兒。科爾沁蒙古很早就歸附了後金，並與後金聯姻。後金天命十年（1625年）二月，13歲的本布泰嫁給了努爾哈赤第8子、34歲的皇太極為側福晉。早在11年前，她的親姑姑哲哲已嫁給皇太極為正房大福晉，9年後，已繼承汗位的皇太極又娶了她的姐姐海蘭珠，姑侄三人同事一夫。

1636年，皇太極改國號為大清，稱帝於盛京（瀋陽），同時建立後宮制度，封大福晉哲哲為皇后，本布泰、海蘭珠和另兩個女子為妃。科爾沁姑侄三人中，莊妃本布泰不是皇太極最寵愛的一位，也不是地位最尊貴的，卻是最幸運的一個，因為她的兒子福臨後來繼承大統，成為大清入關後的首位皇帝。

清崇德八年（1643年），征戰一生的皇太極因病去世，死前沒有指定皇位繼承人，造成諸王爭位的混亂局面。莊妃籠絡睿親王多爾袞擁立了自己年僅6歲的兒子福臨為帝，使各派達成妥協。8月，福臨登基後改年號為順治，莊妃被尊為“聖母皇太后”，叔父多爾袞為攝政王，這一年莊妃30歲，多爾袞31歲，這樣般配的年齡使人產生了不少遐想。

多爾袞後又升為皇父攝政王，他不僅自稱皇父，更可自由出入皇宮內院。儘管正史中並未提到，野史中卻出現了太后下嫁多爾袞的記載，後世的學者多有爭論。《皇父攝政王起居注》的跋文中，還記載了有內閣學士曾親見過皇太后下嫁多爾袞的詔書，但也僅是孤證。

順治八年（1650年），39歲的多爾袞狩獵時墜馬而死。死後，順治帝以其獨斷專行，迫害其兄豪格，與其母有說不清道不明的關係為由，剝奪其封號，掘其墓，直到乾隆年間，多爾袞才恢復名譽。孝莊太后到底有沒有下嫁多爾袞，後世的史學家分為兩派，吵得不亦樂乎，但大多承認他們關係曖昧的事實。

孝莊皇太后是否下嫁了多爾袞，這是清初三大疑案之一，也是後世諸多清史愛好者最為關心的迷題之一，多爾袞和孝莊是屬於叔嫂的關係，兩人之間曾被傳出關係很親密，但是無風不起浪，世界上沒有空穴來風的事情，太后下嫁之說的真實存在可以從三個方面來分析：

一是清朝初期滿族的習俗中是允許兄死弟娶其嫂的。在道德倫理上支援了太后下嫁的真實性。太后下嫁的年代為清朝初年，入關不久。滿族人還沒有被徹底漢化，而滿族確實也流傳有兄死弟娶其嫂的習俗。因此，當時的孝莊太后嫁給小叔子多爾袞並不是不合人倫之舉。尤其當時孝莊太后想要為自己的兒子謀取皇位，為爭取在政治上的支援而與多爾袞交好也是情理之中。但是後來隨著漢化程度的加深，滿族人逐漸接受了漢族的倫理觀，認為太后下嫁有悖人倫，是先祖犯下的奇恥大辱。

二是孝莊死後沒有和皇太極合葬而是葬在皇陵的外面，在情理符合死後無顏見夫君的人之常情。皇太極葬在關外三陵之一的瀋陽北的昭陵。按照清朝陵寢制度，孝莊太后死後應葬在昭陵，就是同皇太極合葬。但是，她不僅沒有葬在昭陵，而且葬在清東陵的風水牆外。於是就引出了許多說法。有人說因為孝莊太后下嫁了，死後無顏回昭陵見夫君，所以把她葬在清東陵大門旁，給子孫看門。事實上，到孝莊去世時，她已經在關內生活了半個世紀，接受了漢族棺葬的習俗。關於自己的後事，孝莊太皇太后向皇孫康熙帝有過交代：太宗文皇帝梓宮官奉已久，不可為我輕動。況我心戀汝父子，不忍遠去，務於孝陵近地安厝，則我心無憾矣。

三是多爾袞力挺順治即位以及日後順治帝對多爾袞的諸多尊稱，顯示出多爾袞與孝莊的關係非同一般。順治能做上皇帝的寶座，多爾袞功不可沒。不管多爾袞退步是為了大清前途著想還是當時的形式所逼。總之，多爾袞能在皇太極眾多兒子當中投向順治這一方，孝莊一定做了不少工作。順治初期基本就是個傀儡皇帝，大權都在多爾袞手裡，為了保住自己和順治，孝莊母子倆只有千方百計的籠絡多爾袞，他們實行的辦法就是不斷的為多爾袞加封，從攝政王到叔父攝政王，再到後來的皇叔父攝政王。這些稱呼都好理解，就是在巴結多爾袞。但最後多爾袞的稱呼變成皇父攝政王，這就讓人浮想聯翩了。皇叔父已經是親的不能再親了，如果太后沒有嫁給多爾袞，順治怎麼會稱他父親。

四是歷史上蛛絲馬跡記載，進一步印證了孝莊下嫁多爾袞的事實。南明弘光張煌言《建夷宮詞》曰：上壽觴為合巹樽，慈寧宮裡爛盈門。春官昨進新儀注，大禮恭逢太后婚。直言太后新婚。推算張煌言所在的年代，恰應太后下嫁之說。而從順治八年，多爾袞死後宣佈其罪狀中自稱皇父攝政王，又親到皇宮內院等語句中也可窺出端倪。這兩句話本來記載在蔣良驥的《東華錄》中，後來修《清世祖實錄》時被刪去，頗有欲蓋彌彰之嫌。《北韓仁祖李倧實錄》記載：鄭太和說多爾袞似是已為太止矣。太上與太后對稱，是太后下嫁的一個旁證。