鳴人最後成為了六代目火影 “曉之章”3年後，因為自來也的失誤漩渦鳴人被“曉”帶走，就在九尾封印就要揭開的時候。

3代火影留下的遺物之一------當年之一人之力消滅了企圖背叛木葉的宇智波一族的在“曉”的木葉臥底宇智波鼬帶回了鳴人。鼬的迴歸無疑增強了木葉的戰力。綱手姬決定讓缺乏戰鬥經驗的鳴人跟隨鼬執行“麻煩”的任務。另一方面，為了阻止大蛇丸的計劃。木葉決定搶先出擊，徹底消滅大蛇丸集團。當然作為自來也內應的藥師兜發揮了關鍵的作用。這次包括自來也，宇智波鼬和旗木卡卡西等木葉強力上忍的行動獲得了成功。大蛇丸被消滅了，打敗大蛇丸的是自來也，但是最後殺死大蛇丸是看起來最忠於他的藥師兜，但是忽略了“曉”的可能的反擊的木葉也付出了沉重的代價。自來也，阿凱，鼬和卡卡西等人在與“曉”的混戰中死亡！不過遭到沉重打擊的“曉”暫時也撤退了。哥哥的死亡和小櫻的鮮血（重傷）使得佐助最終被鳴人所感化，作為新的戰力返回了木葉。這次戰鬥是得不嘗失的戰鬥。綱手姬唯一值得高興的就是木葉新一代忍者的成長。可以遇見，他們將是化解未來危機的關鍵。在中生代忍者中唯一的補充是藥師兜，但是失去鼬眾多有經驗忍者對木葉來說是無法彌補的損失！ 接下來的幾年是和平時期，新生代忍者中的佼佼者鳴人，佐助和鹿丸已經成為了新一代的上忍。初次帶領自己部下宇智波佐助像當年卡卡西那樣教導小忍們團隊合作。所不同的是COPY忍者佐助常說的話是：“哥哥，卡卡西老師。我現在也是有部下的上忍了。他們都是繼承了火的意志的人，在他們身上我看到了木葉的未來。你們看到這樣的我會說什麼呢？說什麼呢？”。當然佐助和小櫻就和當年的阿斯瑪和紅一樣，是木葉緋聞的焦點。鳴人則和藥師學長一起，長期在各國追蹤“曉”的餘黨同時出版了新的親熱系列，和他們一起行動的還有變強後的日向雛田，等他們完成調查任務後雛田也成了某個孩子的母親。木葉丸終於也從忍術學校畢業了，教導他的正是油女志乃。鼬的遺腹子正式進入了忍校，佐助以鼬為榜樣鼓勵他-----只有保護最寶貴的人才能獲得力量，並承認自己永遠都不可能超越鼬。為了鞏固和沙忍的同盟，綱手姬決定撮合鹿丸和手鞠的政治婚姻。同時在木葉勢力的支援下23歲的我愛羅正式成為了“風影”。最後的時刻終於來到了，殲滅“曉”的戰鬥開始。在風之國和火之國的合力作戰中，5國最大的恐怖組織終於完結了。戰鬥是有代價的，5代火影走完了她的人生之路。在彌留之際綱手姬見到了繩樹，斷，猿飛老師，自來也，大蛇丸。她最後說了一聲：“大家，我來了。。。。。。。。。。。”，熱血李，寧次，志乃，佐助，勘九郎和丁次也在戰鬥中殉職。佐助臨死前告訴鳴人：自己救他不是為了逞強，也不是為了報恩。而是自己太明白孩子失去親人的痛苦了！春野櫻受不了佐助的死爆走，離開了木葉。。。。。。。。在眾人的追悼會後，鳴人正式成為了6代火影。接下來就是木葉丸的故事了！！！