弘光小朝廷成立以後，僅圍繞著帝位繼承，在短短一年之內，就先後發生了“妖僧”大悲，偽太子，“童妃”三大案。這些事件嚴重影響了弘光小朝廷的穩定，而清朝廷連續發動的軍事進攻更使弘光君臣手足無措。為苟且偷安，弘光君臣對“聯虜平寇”情有獨鍾，先後多次派人與清朝通好，但都遭到拒絕。弘光小朝廷的大學士，督師史可法害怕與清軍正面作戰，一廂情願地謀求與清軍配合鎮壓大順農民軍。弘光二年即清順治二年（1645）初，史可法派高潔率軍北上，河南總兵許定國秘密與清軍勾結，假裝設宴為高潔接風，將他灌醉後殺害，率部投降清朝。史可法為了保全實力，退守揚州。明軍將領左良玉也為避免與清軍作戰順長江東下，四月初病死於舟中，部下也叛變了。與此同時，清軍加緊南下，不斷進攻明軍。隨後，清軍分三路齊頭並進，意圖一舉摧毀南明弘光小朝廷。在清軍的強大軍事攻勢下，南明軍不斷有將領不戰而降。四月二十四日，清軍用紅衣大炮轟塌揚州城牆。二十五日，揚州城陷落，史可法被俘後遇難。清軍佔領揚州以後，統帥多鐸以揚州軍民不聽招降為由，下令進行屠城，居民幾乎全遭屠殺，“城中積屍如亂麻”。訊息傳到南京，弘光君臣頓時驚惶失措，惶惶不可終日。五月初十，弘光帝僅與馬士英和少數宦官商議後，未作任何部署，就在凌晨離開南京城逃亡。當逃至蕪湖後，被田雄等人出賣，活捉後獻給清軍。在不斷的黨爭和嚴重的腐敗等因素作用下，南明弘光小朝廷最終土崩瓦解了。弘光帝被俘以後，六月初八，潞王朱常淓雖就任監國，也是胸無大志，不圖恢復，不久便降清了。清順治三年（1646）五月，清朝廷以“圖謀不軌”為藉口，將他與其他的明朝降臣一起處斬。

首先還是東林黨爭的問題，跟崇禎朝一樣，文人不思報國，搞內鬥，搞派爭。政權多變化，武裝力量集中到幾個派別手中，不能統一戰線，相互傾軋。第三，受到金政權誘惑，不去抵禦外族，一度綏靖清內，導致人民思想麻痺，士兵毫無鬥志。