蘋果早期落葉病的高發期雖然出現在7～8月，但防治的關鍵時期卻在生長前期。根據病害種類及氣候條件等具體情況，決定打藥次數及時間。如遼寧在7月上旬和8月上旬，噴2次藥；河北從5月中旬左右開始，噴3～4次藥；黃河故道在5月上旬、6月上旬和7月上旬噴3次藥；雲南、貴州、四川等地區，一般在4月中旬開始噴藥。第一次噴藥通常在發病前半個月進行。

在以褐斑病為主的果園，4～6月噴施2次內吸性治療劑，可有效控制整個生長季節蘋果褐斑病的發生。戊唑醇、丙環唑、氟矽唑等三唑類殺菌劑對蘋果褐斑病有內吸治療效果。在病原菌侵染後的7天之內，噴施這些殺菌劑，可有效地控制病斑顯症和病害發展。藥劑防治蘋果褐斑病應從蘋果落花後開始。常見的內吸性殺菌劑有戊唑醇烯肟菌胺、戊唑醇可、戊唑醇丙環唑氟矽唑（福星）。自蘋果落花至5月底，應根據病害的預測進行防治，如出現降雨量大於5毫米，持續時間超過24小時的連續陰雨，應在1周內噴施2次內吸治療劑，2次用藥的間隔期不短於10天。6月上旬需施用1次內吸治療劑，以抑制病斑的顯症和產孢，噴藥時間以雨後為宜；6月中旬在陰雨季來臨之前，需噴1次波爾多液。6月中旬前，也可以結合輪紋病的防治，在蘋果套袋前噴施1～2次兼治蘋果褐斑病的內吸殺菌劑。7～8月雨季期間，若病葉率達到或超過l%，需要連續用藥1～3次，每10～15天1次，提倡內吸劑和保護劑交替使用，保護劑以倍量式波爾多液為宜。

在以斑點落葉病為主的果園，在果樹發芽前，根據春季降雨情況，結合腐爛病和輪紋病的防治，全樹噴布石硫合劑，或戊唑醇或代森錳鋅，剷除越冬菌源，預防和控制病害發生。由於蘋果樹斑點落葉病主要危害展葉20天以內的葉片，而蘋果樹一年有春、秋兩次新梢生長，其中，春梢對全年樹體營養和果品產量和質量起著決定性作用。因此，應該重點保護春梢，壓低後期菌源。於新梢迅速生長季節，選擇適當藥劑科學噴施。從發病初期開始，根據病情連續噴藥2～3次，每次間隔10～15天，以消滅再侵染菌源，控制病害流行，避免造成大量落葉。適用藥劑有異菌脲（撲海因）、戊唑醇（好克力）、波爾多液、速克靈、代森錳鋅（大生M-45、噴克、新萬生等）、乙膦鋁、百菌清、申嗪黴素、多氧黴素等，交替使用，效果良好。