大便的氣味由細菌分解的產物所致，產生氣味的主要成分為吲哚、糞臭素、碳氫化合物、胺、乙酸、丁酸等。其中產生糞便惡臭的是吲哚、糞臭素。值得一提的是很多香水、花（如茉莉）之所以香是因為含有少量的吲哚，但糞便中“吲哚”的濃度較大，反而就臭了。

食物在胃和小腸內進行消化，主要是各種消化酶的作用。結腸不產生酶，只有細菌起消化作用。結腸內有多種細菌包括：大腸桿菌、厭氧桿菌、還有鏈球菌、變形桿菌、葡萄球菌、乳桿菌、芽胞和酵母，另有極少原生動物和螺旋體。腸細菌的重要作用是能產生生理需要的物質，如食物缺乏維生素時可在腸內合成維生素 K、維生素 [公式] 、 [公式] 、維生素 H、維生素 [公式] 、 [公式] 、葉酸和消旋泛酸。也能產生吲哚、糞臭素、硫化氫使糞有臭味。

腸道中的大便

糞便在腸內積存的時間長了就像食物在高溫環境下放久了會變質，發出餿味兒一樣。腸內溫暖，大便就會很快變質，所以才臭臭的。經常吃肉的人的大便也容易臭臭的並且易便秘，最好是平時多吃蔬菜，尤其是粗纖維蔬菜，這樣使腸道通暢，減少糞便在腸內堆積的時間，大便也不會很臭。喝一些清腸的茶會有些效果，它會促進腸蠕動，讓糞便儘快排出，使之不在腸道內堆積。我們大便所產生的味道是由於我們消化道內所產生的消化酶，及在消化道里和我們共生的細菌所產生的。如果我們吃東西較刺激飲食不均衡，或身體狀況不正常消化道有問題時，大便都會特別的臭。

如果是常常晚睡時身體內分泌也會異常，也是會造成消化道不正常的原因之一，是有可能造成大便惡臭。所以大便的味道是判斷身體狀況的指標之一，要避免惡臭的最好方式就是均衡的飲食（尤其要多喝水，因為多喝水會讓身體內部的酶運作正常)，及正常的生活作息（讓身體內部的酶正常分泌)。如果是極度惡臭建議儘快去就醫，因為可能是消化道有問題，腸道發炎等等的。

大便氣味是腸內環境惡化的最佳證據。一般來說，健康人的大便不會特別臭，除非有時吃得肉食特別多但往往只是一時的，清淡飲食便會恢復正常。但如果有的人每天排便都會惡臭無比，這樣的情況就值得警惕了。腸道里的細菌通常有上百種之多，可分為"有益菌"和"致病菌"兩類。在人體健康狀態下，有益菌多於致病菌並處於動態平衡狀態，維持腸道環境的健康。可平衡一旦被打破，有益菌抵擋不住致病菌的攻擊，就會導致各種腸道疾病的產生，大便的氣味也會隨之改變。

糞便的四分之一是水分，其餘大多是蛋白質、無機物、脂肪、未消化的食物纖維、脫了水的消化液殘餘、以及從腸道脫落的細胞和死掉的細菌。結腸內有多種細菌，大腸桿菌70%，厭氧桿菌20%，還有鏈球菌、變形桿菌、葡萄球菌、乳桿菌、芽胞和酵母。吲哚、糞臭素、硫化氫使糞有臭味。

人的糞便是臭的，主要是由於人類吃的食物，是因為蛋白等食物在分解後產生的硫化氫、吲哚等具有特殊氣味的物質，在較高的濃度下表現為臭味，和微生物的活動關係密切。

糞便含有的物質相當豐富，糞便是人體消化吸收剩餘的食物殘渣，不過人類對食物的消化效率只在20%左右，所以儘管糞便和食物的物理外觀性質差別很大，糞便卻仍含有十分豐盛的營養物質，可以成為微生物、食腐動物的食物來源；除了食物殘渣，還有腸道脫落的細胞，由於腸胃中強鹼強酸環境對自身組織的消耗也較為嚴重，所以糞便中也含有很多細胞碎片，加上食物中含有的、腸道中寄居的微生物。所以糞便的性質主要是食物中無法吸收的物質殘渣、脫落的細胞、腸胃分泌的消化液、微生物等。但畢竟食物殘渣是經過腸胃道消化處理的，雖然有不少物質人體無法吸收，但是也被打散成更小的分子物質，腸道中會產生氨氣、硫化氫等帶有氣味的氣體，也會分解產生吲哚、有機酸等物質，它們也帶有一定的氣味。

大便的氣味由是由於含有的吲哚、糞臭素、碳化氫、胺、乙酸、丁酸等，排洩這種糞便，主要是由於食物中的蛋含量過高，導致大便味道太臭。而蛋白、粗纖維等食物成分的消化，需要藉助腸道菌群的作用，人體不少營養物質的吸收和合成都需要微生物的參與，它們可以協助把一些顆粒較大難以吸收的物質分散成小分子物質，也可以協助人體合成吸維生素，煙酸、泛酸等，還能利用蛋白質殘渣合成必需氨基酸，並參與糖類和蛋白質的代謝，同時還能促進鐵、鎂、鋅等礦物元素的吸收。在人的演化歷程中它們和人類形成了特殊的共生關係，甚至可以靠著生存競爭避免有害的雜菌侵害人體。人體和它們形成的這種關係是因為人的飲食，消化道相對來說是處於體外的器官，是從嘴巴到肛門的冠狀器官系統，是和外界環境直接接觸的，所以無可避免引入微生物。

總之，人的糞便是臭的，主要是由於人的消化吸收的過程，而這個過程即和腸道菌群有關，也和人體的消化液等有關，是複雜的生理生化過程，至今也還有一些生理過程不甚明瞭。