在醫學中微生物的殺滅叫滅菌；滅菌的結果是無菌，也就是說指定樣品經過一系列處理後不含任何微生物。例如手術器械的消毒過程等。

微生物的滅菌如果用加熱方法與溫度有關外還和作用時間有關。

100度溫度下加熱30分左右時候基本上大部分微生物會被殺滅，但是細菌的芽孢卻例外，能耐高溫。

在醫學實踐中，常採用物理、化學及生物的方法，清除環境中的微生物，以切斷傳播途徑，保護易感人群，從而控制或消滅傳染病。現將有關術語介紹如下：

消毒 (disinfection) 殺滅物體上病原微生物的方法，稱為消毒。用於消毒的化學藥品稱消毒劑。常用濃度下的消毒劑，只對細菌繁殖體有效，對其芽胞則需提高消毒劑濃度和延長作用時間才能殺滅。

滅菌 (sterilization) 殺滅物體上所有微生物，包括細菌芽胞的方法，稱滅菌。

無菌 (asepsis) 物體中無活的微生物存在，稱為無菌。防止微生物進入機體或物體的方法，稱為無菌操作或無菌技術。進行微生物學實驗、外科手術、換藥、注射時，均需嚴格遵守無菌操作規定。

防腐 (antisepsis) 防止或抑制微生物在物體中生長繁殖的方法，稱防腐。用於防腐的化學藥品稱防腐劑。使用同一種化學藥品低濃度時為防腐劑，高濃度則為消毒劑。

衛生清理 (sanitation) 將微生物汙染了的無生命物體表面還原為安全水平的處理過程。例如醫院內的病房、病人使用過的用具、布類的衛生處理等。