1.選擇抗病品種，施用生物有機肥，合理負載，科學修剪，增強樹體的抗逆性。連年重施有機肥，重視施用生物肥，減少化肥使用量。

2.細緻清潔果園，剷除菌源。果農每年冬季需要刮樹老翹皮，對枯枝落葉深埋或燒燬處理。萌芽前對全園採用石硫合劑清園，減少病原菌的初侵染源和害蟲的越冬基數。生長期更是經常摘除病葉病果，人工消滅害蟲，防止有機果樹病蟲害的擴充套件和蔓延。防治腐爛病的方法還是傳統的手法，即“刮刮皮，抹抹泥，包包塑膠紙”的簡單技術。

3.迷向法控制害蟲，大多數蘋果園的蘋果樹冠上不時見到紅色、白色或綠色的複合PVC扎絲，這是有害昆蟲性引誘劑。利用一些鱗翅目害蟲的雌成蟲性成熟時釋放的性激素招引雄成蟲的機理，透過安置眾多的性引誘劑釋放的擾亂昆蟲的交配資訊，減少其交配和繁殖的機會，從而大大降低了害蟲的繁衍。

4.果實套袋。採用有袋栽培技術，可以大大降低有機果樹病蟲害，果實外觀細膩，內在品質也明顯提高。

5.充分利用天敵，消滅害蟲。有機栽培果園的農藥使用量很少，再加上重施有機肥和地面生草，這些都給許多有益鳥獸和昆蟲提供了良好的棲息環境，從而有效地控制了害蟲的發生。

6.利用架設防蟲網，使用粘著劑，以及樹幹塗白等，一些果園還採用了先進的物理光學、電磁防鳥防鼠防獸設定。這些物理的防治方法，大大抑制了有機果樹中的病蟲害和有害生物的滋生和危害。